Le Coronavirus Covid19

[LeLama]

il est certain que ceux qui n'ont jamais été en contact avec un malade, avec un cas contact, et qui ne présentent pas de symptôme, ne se font pas tester :

Je ne partage pas cet avis. Beaucoup se font tester sur la base du volontariat, et c'est cité comme un motif d'engorgement. Des que tu tousses un peu, ton medecin peut te prescrire un test. Ici au boulot, si tu as été dans un salle tres aeree avec distanciation mais sans masque avec un positif, tu es testé, etc,etc... ca fait plein de cas de gens sans symptomes specifique et sans contact qui se font tester, mais a l'inverse, les etudiants qui mangent entassés dans le refectoire pas tres aeré ne sont pas considérés comme cas contact.

en tout cas l'incertitude est telle que ce genre de calcul me parait inapplicable en pratique.

D'accord qu'il faut trouver un etalonnage tests/echantillon representatif pour mieux calibrer. Mais il faut tenir compte de toutes facons que les tests de serologie peuvent aussi etre faux d'un facteur 2, on l'a vu sur l'etude de pasteur qui est discutée, et il commence a s'ecrire que les tests serologiques ne sont pas bons et sous-estiment la seroprevalence. Par exemple cet article du bmj en discute: https://www.bmj.com/content/370/bmj.m3364

[hyperion]

bq d'incertitude sur l'immunité de groupe , je demande individuellement bq de serologies , elles reviennent presque toutes négatives et SOUVENT chez ceux qui ont été testés + asymptomatiques et symptomatiques légers ( à la PCR) seuls ceux qui ont été très secoués montent les anticorps repérables par les serologies de mes biologiste référents, celà risque d'ailleurs de compliquer la piste vaccinale s'il faut une stimulation antigenique très forte. d'autant que je me rappele que ce pb avait entrainé des désordres sévères avec des tentatives de vaccins pour le sras.
une étude islandaise sur les serologies semble aussi montrer que les serologies ne sont pas facilement +

Publié le 05/09/2020
Sur la piste des anticorps contre le SARS-CoV-2 en Islande
L’hiver arctique n’a pas protégé l’Islande de la pandémie de Covid-19. Le premier cas d’infection par le SARS-CoV-2 y a été confirmé fin février 2020 mais le 30 avril, l’épidémie avait déjà bien reculé. Pendant cette période, le dépistage par PCR a été largement utilisé : au 15 juin, 15 % de la population avait été testée.

Mais le test PCR ne donne qu’une idée partielle de la diffusion du virus au niveau de la population. C’est pourquoi une équipe islandaise s’est lancée dans une enquête digne des plus fameux romans policiers que produit le pays. L’objectif était d’évaluer la séroprévalence pour le SARS-CoV-2 au niveau de la population et d’établir les variations des taux d’anticorps au fil du temps. Plus de 30 000 personnes ont bénéficié d’un dosage des anticorps, certaines ayant été testées positivement par PCR, d’autres n’ayant pas été testées ou ayant reçu un résultat négatif. Un groupe de personnes hospitalisées avec une PCR positive et en convalescence (n = 1 237) a été invité à réaliser un dosage des anticorps, rapidement après leur guérison puis environ 3 mois après.
Moins de 1 % des islandais infectés par le SARS-CoV-2
Les données permettent d’estimer que 0,9 % des islandais ont été infectés par le SARS-CoV-2, avec un taux de mortalité de 0,3 %. Parmi les personnes séropositives, seulement 56 % avaient eu un diagnostic préalable par un test PCR. Il apparaît donc que, malgré un dépistage intensif par PCR, comme pratiqué en Islande, une fraction non négligeable des infections ne sont pas détectées, ce qui confirme l’idée que cette méthode n’est sans doute pas la meilleure pour « tracker » et contenir l’épidémie. Notons qu’un tiers des infections ont été dépistées chez des personnes asymptomatiques. Il apparait aussi que les taux d’anticorps sont plus élevés chez les personnes âgées et chez celles qui ont été hospitalisées. En revanche, les taux sont plus faibles chez les fumeurs et les femmes dont la maladie a été moins sévère.
Des anticorps présents et en plateau 4 mois après l’infection
Mais l’élément le plus marquant révélé par cette étude est que les taux d’anticorps restent stables jusqu’à 4 mois après le diagnostic. Les taux d’anticorps augmentent au cours des 2 premiers mois après le diagnostic par PCR et restent ensuite en plateau au cours des 2 mois suivants.

Les taux d’IgM anti-N augmentent rapidement après le diagnostic et diminuent ensuite pour n’être plus détectables après 2 mois. Les IgA anti-S1 diminuent 1 mois après le diagnostic mais restent détectables. Les IgG anti-N et anti-S1 augmentent pendant les 6 premières semaines, puis diminuent légèrement.

Pour les éditorialistes du New England Journal of Medecine, cette persistance des anticorps, en contradiction avec les constatations de précédents travaux vient de ce que cette étude a observé leur cinétique pendant 4 mois, alors que les autres ne le faisaient que pendant 28 jours. Notons toutefois que l’on ne sait toujours pas si les anticorps persistants possèdent les fonctions neutralisantes ou protectrices indispensables pour bloquer une réinfection.

Dr Roseline Péluchon
Référence
Gudbjartsson DF et coll. : Humoral Immune Response to SARS-CoV-2 in Iceland. N Engl J Med., 2020 ; publication avancée en ligne le 1er septembre

Copyright © http://www.jim.fr

[LeLama]

Que sait-on des taux de positivite des depistages systematiques comme celui organise dans la Mayenne en juillet?

Il y a des chiffres, mais je n'ai pas vu de donnee qui dirait quel est le resultat sur un echantillon representatif. La seule donnee que j'ai trouvee comme statistiquement representative est celle du morbihan fin mai : "entre 5,4 et 9,7 % de la population aurait été en contact avec le SARS-CoV2"

[LeLama]

Visiblement en mayenne, on n'a pas fait l'effort de construire un echantillon representatif, selon catherine hill. https://www.rtl.fr/actu/debats-societe/ ... 7800703319

[GillesH38]

il est certain que ceux qui n'ont jamais été en contact avec un malade, avec un cas contact, et qui ne présentent pas de symptôme, ne se font pas tester :

Je ne partage pas cet avis. Beaucoup se font tester sur la base du volontariat, et c'est cité comme un motif d'engorgement. Des que tu tousses un peu, ton medecin peut te prescrire un test. Ici au boulot, si tu as été dans un salle tres aeree avec distanciation mais sans masque avec un positif, tu es testé, etc,etc... ca fait plein de cas de gens sans symptomes specifique et sans contact qui se font tester, mais a l'inverse, les etudiants qui mangent entassés dans le refectoire pas tres aeré ne sont pas considérés comme cas contact.

les cas que tu cites ont des symptômes, ou on été en contact avec un positif. Je te parle de gens qui n'ont aucune raison particulière de se faire tester, ni symptômes, ni contacts connus, ce qui est la très grande majorité des gens ! il n'y a pas 60 millions de Français qui attendent sur liste d'attente !

l'échantillon de la population testée est évidemment biaisé par des critères de sélection, donc tu ne peux pas dire qu'il est proche d'un échantillon représentatif .

[GillesH38]

Que sait-on des taux de positivite des depistages systematiques comme celui organise dans la Mayenne en juillet?

Il y a des chiffres, mais je n'ai pas vu de donnee qui dirait quel est le resultat sur un echantillon representatif. La seule donnee que j'ai trouvee comme statistiquement representative est celle du morbihan fin mai : "entre 5,4 et 9,7 % de la population aurait été en contact avec le SARS-CoV2"

il s'agit de tests sérologiques, pas de PCR. La % de la population étant PCR-positive a un moment donné est évidemment bien plus faible, et bien plus faible aussi que le taux de positivité des tests.

[LeLama]

les cas que tu cites ont des symptômes, ou on été en contact avec un positif.

Non, les volontaires n'ont pas tous des symptomes et des contacts avec un positif. Etre dans une piece aeree avec distanciation n'est pas non plus un cas "contact", ou alors sinon, tout le monde dans la population est cas contact car nous avons tous dans nos vies des cas bien plus problematiques. Pour moi, quand je fais les courses en milieu fermé et que les gens se plantent juste a coté de moi depuis qu'il y a les masques, quand je fais des TP avec les etudiants, ce sont des situations ou je peux attrapper le covid. Mais quand je prends un café avec un collegue fenetre grande ouverte avec distanciation de 3m, franchement ca me parait peu probable que je l'attrappe. C'est pourtant dans le cas ou je prends un café que je suis considéré comme cas contact, et pas en tp ou quand je fais mes courses.

Pour dire les choses autrement, la definition des cas contacts me semble tellement imprecise qu'elle selectionne presque au hasard. Tu peux regarder la definition des cas contacts ici pour avoir une idee de ce que ca veut dire : https://www.lejdd.fr/Societe/Sante/covi ... ct-3992706 Tu verras rien sur l'aeration, qui est pourtant cruciale, et en revanche un couplet sur le masque, alors que les etudes randomisees n'ont pas montré de difference, pas non plus de notion de durée, alors que c'est aussi une base d'epidemio assez standard...

[tita]

Les données permettent d’estimer que 0,9 % des islandais ont été infectés par le SARS-CoV-2, avec un taux de mortalité de 0,3 %. Parmi les personnes séropositives, seulement 56 % avaient eu un diagnostic préalable par un test PCR.

Ils ont eu 1'800 cas confirmés, malgré une campagne de test très intensive (15% de la population testée par PCR au 15 juin). Du coup, ces tests sérologiques les conduise à estimer le nombre de cas à ~3'000. L'étude souligne le fait que les tests PCR ne détectent pas tous les cas, même avec une campagne extensive. Ils ont aussi testé 4'222 personnes qui avaient été en quarantaine, mais avaient été testé négatives au test PCR, et trouvé des anticorps chez 97 personnes de ce groupe (2.4%), donc de faux négatifs. Ils ont aussi effectués des tests sérologiques sur 1'237 personnes qui ont eu un test PCR positif (donc, une grande partie des cas confirmés).

bq d'incertitude sur l'immunité de groupe , je demande individuellement bq de serologies , elles reviennent presque toutes négatives et SOUVENT chez ceux qui ont été testés + asymptomatiques et symptomatiques légers ( à la PCR) seuls ceux qui ont été très secoués montent les anticorps repérables par les serologies de mes biologiste référents

Tiré de l'étude islandaise:

Twenty-five days after diagnosis by qPCR, more than 90% of samples from recovered persons tested positive with both pan-Ig antibody assays, and the percentage of persons testing positive remained stable thereafter (Figure 2 and Fig. S2). Hospitalized persons seroconverted more frequently and quickly after qPCR diagnosis than did nonhospitalized persons

Du coup, ça se rejoins sur le fait que les cas les plus touchés développent des anticorps plus rapidement. Par contre, il y a une divergence sur le pourcentage de tests sérologique positifs de cas confirmés par PCR.

Il y a une mise en doute du nombre d'infections réel. Un nombre plus élevé indiquerait du coup un taux de fatalité plus faible, et un risque épidémique moins important, et donc une seconde vague moins importante. A l'inverse, un taux d'infection dans les 5-10% ne permet pas d'écarter un risque de seconde vague important (pour autant que le virus soit resté identique en virulence).

L'avenir nous dira bien ce qu'il en est.

[GillesH38]

les cas que tu cites ont des symptômes, ou on été en contact avec un positif.

Non, les volontaires n'ont pas tous des symptomes et des contacts avec un positif.

il y a de tout, mais je dis juste que l'échantillon n'est pas un échantillon aléatoire. La plupart des gens n'ayant ni de symptômes ni de contacts n'iront pas se faire tester , pour la plupart : alors que c'est la majorité de la population, c'est une minorité des personnes testées (surtout avec la difficulté actuelle de se faire tester).

Etre dans une piece aeree avec distanciation n'est pas non plus un cas "contact", ou alors sinon, tout le monde dans la population est cas contact car nous avons tous dans nos vies des cas bien plus problematiques. Pour moi, quand je fais les courses en milieu fermé et que les gens se plantent juste a coté de moi depuis qu'il y a les masques, quand je fais des TP avec les etudiants, ce sont des situations ou je peux attrapper le covid. Mais quand je prends un café avec un collegue fenetre grande ouverte avec distanciation de 3m, franchement ca me parait peu probable que je l'attrappe. C'est pourtant dans le cas ou je prends un café que je suis considéré comme cas contact, et pas en tp ou quand je fais mes courses.

je ne te dis pas que la politique de test est optimale, je te dis qu'elle ne correspond pas à un tirage aléatoire dans la population ....

Pour dire les choses autrement, la definition des cas contacts me semble tellement imprecise qu'elle selectionne presque au hasard. Tu peux regarder la definition des cas contacts ici pour avoir une idee de ce que ca veut dire : https://www.lejdd.fr/Societe/Sante/covi ... ct-3992706 Tu verras rien sur l'aeration, qui est pourtant cruciale, et en revanche un couplet sur le masque, alors que les etudes randomisees n'ont pas montré de difference, pas non plus de notion de durée, alors que c'est aussi une base d'epidemio assez standard...

je répète : la population française comporte une grande majorité de gens qui ne sont pas considérés comme contacts et ne sont pas symptomatiques, alors que c'est une minorité dans les cas testés. Ce n'est pas du tout un échantillon "presque au hasard". (C'est particulièrement évident avec la politique de test du mois de mars qui donnait 17 % de mortalité, mais c'est encore vrai maintenant).

[nemo]

Vous étes d'accord la seule question est la proportion de l'erreur et vous avez pas les moyens de trancher. Reste à essayer empiriquement et voir comment ça évolue dans les semaines qui viennent.

[LeLama]

Vous étes d'accord la seule question est la proportion de l'erreur et vous avez pas les moyens de trancher.

+1

[GillesH38]

Vous étes d'accord la seule question est la proportion de l'erreur et vous avez pas les moyens de trancher. Reste à essayer empiriquement et voir comment ça évolue dans les semaines qui viennent.

comment quoi évolue ?
on a des indicateurs connus (nombre de tests, de résultats positifs, d'hospitalisations, de décès, etc ...) et la question est de savoir comment les lier au nombre réel d'infections. Surveiller l'évolution de ces indicateurs ne te donnera pas la réponse ....

[nemo]

Vous étes d'accord la seule question est la proportion de l'erreur et vous avez pas les moyens de trancher. Reste à essayer empiriquement et voir comment ça évolue dans les semaines qui viennent.

comment quoi évolue ?
on a des indicateurs connus (nombre de tests, de résultats positifs, d'hospitalisations, de décès, etc ...) et la question est de savoir comment les lier au nombre réel d'infections. Surveiller l'évolution de ces indicateurs ne te donnera pas la réponse ....

Je veux dire tester la prédiction de LeLama et la tienne si t'en propose une.

[GillesH38]

je m'en garderais bien

[energy_isere]

Aux Etats-Unis, à six semaines de l'élection présidentielle, le pays a franchi mardi le cap symbolique des 200.000 morts, selon l'université Johns Hopkins.

Le bilan de référence de l'université basée à Baltimore a affiché 200.005 décès mardi matin, sur 6,9 millions de cas recensés dans le pays, une mortalité que plusieurs modèles avaient anticipée depuis le mois d'août, et qui fera du coronavirus la troisième cause de décès aux Etats-Unis cette année.

Après les États-Unis, les pays les plus touchés sont le Brésil avec 137.272 morts pour 4.558.068 cas, l'Inde avec 88.935 morts (5.562.663 cas), le Mexique avec 73.697 morts (700.580 cas), et le Royaume-Uni avec 41.788 morts (398.625 cas).

Les Etats-Unis enregistrent chaque jour presque un millier de décès ce qui, rapporté à la population, est le quadruple du taux de mortalité européen.

extrait de https://www.boursorama.com/actualite-ec ... c8cc89a347