Le Coronavirus Covid19

[GillesH38]

et en prime ils peuvent compter sur les esprits trompés pour continuer a prétendre que l’issue n’était pas parfaitement prévisible.

tant que tu n'as pas répondu à la question : en quoi est-il improbable qu'une fuite du laboratoire ait pu se propager par le marché ? je ne considère pas que l'article ait tranché la question. Mais comme la discussion ci-dessus le montre, je n'ai pas l'impression que tu aies vraiment compris comment marchent les réévaluations bayesiennes, donc ce n'est probablement pas à toi qu'il faut poser la question. J'essaierai d'écrire aux auteurs , tiens .

[GillesH38]

NB : en fait les auteurs ne pensent pas non plus que l'hypothèse laboratoire ait été définitivement écartée

Kristian Andersen, de l'institut de recherche Scripps et lui aussi co-auteur de ces études, a de son côté déclaré: "Avons-nous réfuté la théorie de la fuite de laboratoire? Non.

[tita]

NB : en fait les auteurs ne pensent pas non plus que l'hypothèse laboratoire ait été définitivement écartée

Kristian Andersen, de l'institut de recherche Scripps et lui aussi co-auteur de ces études, a de son côté déclaré: "Avons-nous réfuté la théorie de la fuite de laboratoire? Non.

Tu omets la suite de sa phrase. Justement, le raisonnement bayésien que tu soulignes quelques posts ci-dessus.

Pourrons-nous le faire un jour? Non. Mais je pense qu'il est important de comprendre qu'il y a des scénarios possibles, et d'autres probables. Et que possible ne signifie pas tout aussi probable."

Qu'il soit possible qu'il y ait une une fuite de laboratoire ne signifie pas que ce soit probable. En l'état des connaissances, c'est peu plausible que le virus ait été introduit d'une autre manière que par ce marché d'animaux vivants (dixit l'autre auteur).

[GillesH38]

sur le fond je suis d'accord, il n'y a que des probabilités, on ne peut pas parler de certitudes. Je ne sais pas trop quelle est la limite quantitative à partir de laquelle on peut parler de "probable" au lieu de "possible", mais dit comme ça, c'est un truisme. Il y a évidemment des évènements possibles qui ne sont pas tout autant probables, je ne vois pas comment on peut contester ça.

Mais en l'occurrence, j'ai quand même manqué l'étape par laquelle les études concluent que le fait que ce soit arrivé par le marché rendent improbable la fuite du laboratoire. Un fait X défavorise une hypothèse A par rapport à une hypothèse B si il est bien plus improbable de se produire dans le cas A que dans le cas B. Mais pourquoi le fait que le virus se soit propagé à partir du marché est il très improbable si le virus a originellement fuité du laboratoire, dans la mesure où des contaminations secondaires peuvent très bien s'être déclenchées à partir du marché ? la réévaluation bayesienne devrait etre suffisamment forte pour contrebalancer l'autre réévaluation bayesienne dans l'autre sens, c'est à dire la proximité géographique du marché et du laboratoire qui a isolé la souche la plus proche connue naturellement, qui est un AUTRE élément du problème.

J'avoue que je ne vois pas par quel calcul on estime que ces probabilités font plus que se compenser (c'est à dire pourquoi l'hypothèse labo puis marché serait bien plus improbable que la coïncidence géographique en elle même, puisque dans l'hypothèse marché, il faut attribuer cette proximité à une pure coïncidence ).

[tita]

Mais en l'occurrence, j'ai quand même manqué l'étape par laquelle les études concluent que le fait que ce soit arrivé par le marché rendent improbable la fuite du laboratoire.

Ben, tu as deux hypothèses possibles. Et tu cherches des éléments qui peuvent rendre plus probable l'une ou l'autre des hypothèses. En l'occurrence, l'épicentre est ce marché d'animaux vivants capturés dans la nature.

On n'a pas réduit la probabilité de l'hypothèse du laboratoire, on a augmenté celle de l'hypothèse d'une zoonose venant du monde animal sauvage. Et on n'a pas d'éléments pour augmenter celle de l'hypothèse du laboratoire.

Après, tu nous sors une autre hypothèse, celle de la contamination du marché par le labo... Mais là, c'est capillotracté. Une fuite du labo va produire un épicentre lié au personnel du labo et leurs contacts. Le marché serait en second, et aurait passé peut-être inaperçu.

[GillesH38]

Mais en l'occurrence, j'ai quand même manqué l'étape par laquelle les études concluent que le fait que ce soit arrivé par le marché rendent improbable la fuite du laboratoire.

Ben, tu as deux hypothèses possibles. Et tu cherches des éléments qui peuvent rendre plus probable l'une ou l'autre des hypothèses. En l'occurrence, l'épicentre est ce marché d'animaux vivants capturés dans la nature.

On n'a pas réduit la probabilité de l'hypothèse du laboratoire, on a augmenté celle de l'hypothèse d'une zoonose venant du monde animal sauvage. Et on n'a pas d'éléments pour augmenter celle de l'hypothèse du laboratoire.

en théorie bayesienne, la réévaluation du rapport des probabilités est p(X|A)/p(X|B, le rapport des probabilités que l'évènement X arrive dans les deux hypothèses.

je ne vois pas le raisonnement qui aboutirait à la conclusion que c'est bien plus probable que ça arrive au marché si l'origine est naturelle que si elle est du laboratoire. Si l'origine est naturelle la contamination aurait pu aussi se produire ailleurs qu'au marché. L'épidémie de premier SRAS n'a pas eu une origine dans un marché que je sache (le premier patient identifié était un fermier : https://fr.wikipedia.org/wiki/Syndrome_ ... igu_sévère ) . Dans tous les cas il a fallu une chaine de circonstances spécifiques pour aboutir au marché, mais je ne vois pas en quoi cette chaine est bien plus improbable si le virus s'est échappé du laboratoire que si il a muté naturellement.

D'ailleurs il semble qu'il y ait eu plusieurs foyers de SRAS , ce qui est logique si il y a eu au préalable une dissémination dans une espèce animale.

Le fait qu'il n'y ait eu qu'un foyer originel, et l'absence d'identification de l'espèce transmetteuse (y a quand même pas tant que ça d'espèces animales vendues sur le marché de Wuhan je suppose !) me semble plutôt bizarre si l'épidémie a commencé comme une zoonose.

Après, tu nous sors une autre hypothèse, celle de la contamination du marché par le labo... Mais là, c'est capillotracté. Une fuite du labo va produire un épicentre lié au personnel du labo et leurs contacts. Le marché serait en second, et aurait passé peut-être inaperçu.

non ce n'est pas générique. Dans le cas du SRAS, deux contaminations ont eu lieu dans un laboratoire de Pékin en 2004 : https://www.sciencesetavenir.fr/sante/c ... oire_24681
dans un cas, c'est une étudiante qui a été contaminée, et est rentrée ensuite chez elle. Hospitalisée à Pékin, elle a contaminé sa mère et une infirmière de l'hôpital. Le foyer ne s'est donc pas développé au laboratoire. L'identification du laboratoire a été possible parce que le SRAS était très symptomatique et que la primo-contaminée a été hospitalisée, mais si elle avait eu une forme asymptomatique ca aurait été bien plus compliqué (surtout si ça avait concerné quelques générations, par exemple la mère aurait pu être aussi asymptomatique mais aurait pu contaminer son épicière qui aurait pu etre supercontaminante .... bonjour pour faire le lien avec l'étudiante).

Donc je ne vois toujours pas pourquoi une chaine partant du laboratoire et arrivant au marché est bien plus improbable , au point d'annuler la coïncidence (pour le coup elle très improbable) de la proximité géographique. C'est comme une enquête policière, il faut faire un cumul de probabilité de différents indices, et je ne vois aucun fait innocentant le laboratoire de façon quasi certaine, ou même rendant l'hypothèse très improbable

(encore une fois la détection d'une contamination antérieure très éloignée de Wuhan, par exemple, pourrait être un tel fait, c'est donc en théorie possible d'en trouver, mais ce n'est pas ce qui est rapporté).

[tita]

Donc je ne vois toujours pas pourquoi une chaine partant du laboratoire et arrivant au marché est bien plus improbable , au point d'annuler la coïncidence (pour le coup elle très improbable) de la proximité géographique. C'est comme une enquête policière, il faut faire un cumul de probabilité de différents indices, et je ne vois aucun fait innocentant le laboratoire de façon quasi certaine, ou même rendant l'hypothèse très improbable

https://twitter.com/T_Fiolet/status/1552586476247973888

Le marché se trouve à 13km du labo...

Vu le virus et sa propagation, ont s'attendrait à voir des premiers patients autour du labo aussi.

Et non, on n'a pas innocenté la piste du labo de façon quasi certaine, ou rendu très improbable. On est juste en train de dire que la probabilité de la piste du marché comme source a augmenté.

On n'a pas d'élément pour diminuer drastiquement ou augmenter drastiquement la probabilité que l'origine serait le labo. Le fait que l'accès à ces éléments n'a pas été autorisé est un problème parce qu'il laisse planer le doute.

Après, si ça te chante, on peut aussi parler de l'hypothèse d'extra-terrestres qui auraient créé ce virus et amenés dans ce marché. C'est possible aussi, non?

[GillesH38]

Donc je ne vois toujours pas pourquoi une chaine partant du laboratoire et arrivant au marché est bien plus improbable , au point d'annuler la coïncidence (pour le coup elle très improbable) de la proximité géographique. C'est comme une enquête policière, il faut faire un cumul de probabilité de différents indices, et je ne vois aucun fait innocentant le laboratoire de façon quasi certaine, ou même rendant l'hypothèse très improbable

https://twitter.com/T_Fiolet/status/1552586476247973888

Le marché se trouve à 13km du labo...

Vu le virus et sa propagation, ont s'attendrait à voir des premiers patients autour du labo aussi.

je ne vois pas vraiment pourquoi. J'habite à environ 15 km de mon boulot et je vais au marché à coté de chez moi , donc si j'avais été contaminé sur mon lieu de travail j'aurais très bien pu démarrer une épidémie vers chez moi (et en plus dans le cas de Huanan, il s'agit d'un grand marché citadin qui doit certainement drainer pas mal de population autour) .

Est ce que tu connais toutes les adresses des gens travaillant dans le labo ?

Lors de l'épidémie, je n'ai pas eu connaissance de contaminations sur mon lieu de travail (une université) à part dans une petite promo d'étudiants qui mangeaient souvent ensemble. On a affaire ici à un laboratoire classé P3, où il y a quand meme des règles sévères de protection. Si il y a eu un accident de contamination une fois, la diffusion ultérieure dans le laboratoire n'est sans doute pas si facile que ça. En revanche les gens se sont contaminés dans le milieu familial ou dans des ambiances professionnelles plus propices (abattoirs par exemple).

Je t'ai cité aussi le cas de 2004 où une étudiante travaillant dans un labo de virologie n'avait infecté que sa mère chez elle, et une infirmière de l'hôpital où elle a été hospitalisée, mais à ma connaissance personne d'autre du laboratoire.

Plus que la proximité des cas avec le marché, l'argument le plus convainquant est peut etre plutot la présence de deux souches A et B sur le marché de Wuhan, pointant vers deux sources de contaminations indépendantes. C'est plus difficile à imaginer si la source est une contamination unique en labo, que si c'est par contact avec des animaux où il y aurait déjà pu avoir plusieurs souches différentes. Mais dans ce cas reste la question : pourquoi n'a-t-on toujours pas trouvé de souche sauvage , par exemple chez les chiens viverrins qui sont souvent cités ? alors qu'on a pu la détecter chez des cervidés canadiens qui ont été contaminés probablement par des humains. Ca reste très bizarre cette histoire.

Après, si ça te chante, on peut aussi parler de l'hypothèse d'extra-terrestres qui auraient créé ce virus et amenés dans ce marché. C'est possible aussi, non?

il y a des tas de raisons pour laquelle l'hypothèse extra-terrestre est très improbable bien sûr, à commencer par le fait qu'on n'a jamais détecté d'extra-terrestre . alors que des contaminations en laboratoire, ça oui, on en a souvent , y compris avec le premier SRAS comme j'ai rappelé.

On ne peut pas dire "n'importe quoi" avec les probabilités, il faut quand même les étayer avec des faits (ou des non faits), et se poser à chaque fois la question : en quoi le fait que j'invoque est il bien plus probable dans l'hypothèse A que dans l'hypothèse B - et essayer d'être "honnête" dans l'estimation des probabilités.

[tita]

En France, le nombre de nouveau cas est en train de chuter... Bref, la 7ème vague est passée. Le rythme de baisse s'accélère même.

https://twitter.com/nicolasberrod/statu ... 9000610816

Prochaine vague en... Octobre.

Je me rappelle de ce graphique décrivant différents scénarios:



https://www.futura-sciences.com/sante/a ... rus-81020/

Aucun ne correspond exactement à ce qu'on a eu. Au final, la vague de contaminations a été la plus importante l'hiver dernier. Mais en terme de maladies/décès, c'était la vague de l'automne 2020 qui était la pire. Ce scénario était décrit comme ceci:

Le deuxième scénario prédit une vague de l'épidémie à l'automne-hiver 2020 et qui serait bien plus importante que la première. Elle serait ensuite suivie de plusieurs phases moins importantes de réapparition du virus en 2021. Celui-ci imposerait des mesures de confinement strictes pour ne pas saturer les hôpitaux. Dans le rapport, les scientifiques du Cidrap indiquent que ce scénario correspond à ce qui s'est passé durant la pandémie de grippe de 1918 ainsi que les épidémies de grippe de 1957 et de 2010.

Mais faut pas oublier que si on avait eu une vague de contamination à l'échelle de l'hiver dernier, mais avec l'aspect pathogène de l'automne 2020, ça aurait été catastrophique. Certains pays, comme l'Inde, l'ont probablement subit de cette manière.

Entre confinements, vaccins, masques et autre, on a très clairement influencé l'évolution de cette pandémie. On n'avait jamais suivi de façon aussi précise l'apparition de cas infectés. Tout ça va changer nos connaissances scientifiques sur les épidémies, mais il faudra encore beaucoup d'années pour digérer ça correctement.

[Rod]

En tous cas l'évolution du covid depuis maintenant un an et demi me laisse dubitatif sur l'effet réel des mesures prises (confinement, couvre-feu....) vu que les vagues "s'éteignent" d'elle même" sans aucunes mesures....

[GillesH38]

Entre confinements, vaccins, masques et autre, on a très clairement influencé l'évolution de cette pandémie.

oui clairement, au début, les mesures face à l'épidémie se sont asservies sur la menace de saturation des services de réa et ont contrôlé la forme des pics. En revanche à partir de Omicron, où la létalité a chuté (probablement plus à cause de la vaccination, et bêtement de la disparition des plus fragiles au virus (effet moisson) , que d'une moindre létalité intrinsèque de la souche), les mesures n'ont plus été que cosmétiques et n'ont probablement pas changé l'évolution de la pandémie, donc les pics se sont résolus "naturellement" par l'atteinte d'un seuil d'immunité collective.

Ca reste une maladie sérieuse : on est quand meme toujours à une centaine de décès par jour, ce qui ferait à ce rythme autour de 30 000 par an, nettement plus que la grippe. Mais ça a été intégré dans les dangers "normaux" de l'existence, que la société peut accepter et gérer, comme le tabac, l'alcoolisme ou la pollution - avec un discours de "prévention molle", mais sans bloquer ou contraindre la société comme au début de l'épidémie.

Ca confirme ce que je pensais : ce ne sont pas tant le chiffre absolu des morts qui a été la motivation de ces mesures, mais plutot la menace de saturation des services - avec probablement une composante psychologique de blessure narcissique de voir exposée l'incapacité de notre système sanitaire à répondre à une vague épidémique de cette ampleur.

[LeLama]

Entre confinements, vaccins, masques et autre, on a très clairement influencé l'évolution de cette pandémie.

oui clairement, au début, les mesures face à l'épidémie se sont asservies sur la menace de saturation des services de réa et ont contrôlé la forme des pics.

Pur narratif contraire aux etudes scientifiques. Du gros nimporte quoi narratif comme d'hab.

[GillesH38]

Entre confinements, vaccins, masques et autre, on a très clairement influencé l'évolution de cette pandémie.

oui clairement, au début, les mesures face à l'épidémie se sont asservies sur la menace de saturation des services de réa et ont contrôlé la forme des pics.

Pur narratif contraire aux etudes scientifiques. Du gros nimporte quoi narratif comme d'hab.

qu'est ce qui est contraire aux études scientifiques ? que les mesures ont été asservies sur la menace de saturation des services, ou bien qu'elles ont contrôlé la forme des pics ?

[energy_isere]

ETATS-UNIS : LE PRÉSIDENT AMÉRICAIN JOE BIDEN DE NOUVEAU TESTÉ POSITIF AU COVID-19
31 juillet 2022

https://www.cnews.fr/monde/2022-07-30/e ... u-covid-19

[energy_isere]

Covid-19. Le Japon fait face à une septième vague d’une ampleur inattendue
Le Japon n’avait jamais connu pareille situation. Avec 220 000 cas positifs par jour en moyenne, l’archipel se retrouve submergé comme jamais par le coronavirus. Avec de lourdes conséquences économiques et sanitaires.

Ouest-France Publié le 01/08/2022


C’est l’Organisation mondiale de la santé qui le dit. Avec 220 000 cas positifs en moyenne par jour, aucun autre pays n’est actuellement aussi touché dans le monde par le coronavirus que le Japon. Inattendu tant l’archipel avait jusqu’ici plutôt bien résisté au Covid-19 avec 32 000 décès pour 125 millions d’habitants.
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https://www.ouest-france.fr/sante/virus ... a4b088d7b5