Le Coronavirus Covid19

[GillesH38]

pour le coup le nombre de cas est aussi tellement influencé par le nombre de tests que tu peux voir aussi la croissance exponentielle du nombre de tests .

[kercoz]

oui, cependant , compare l'évolution des hospit au printemps et maintenant, fais tourner sur la page 4 indicateurs, fleche horizontale
https://mapthenews.maps.arcgis.com/apps ... 61689e2887

Le modèle "printemps" et le modèle actuel, concernent des populations différentes. Le modèle printemps concerne une population bien plus homogène en terme de comportement (même si la population agée a déja un comportement avec bien moins d' interactions que le reste du groupe).

On est dans un système non linéaire complexe géré par des exponentielles. Il est possible que le modèle actuel induit juste un retard entre les 2 faits (contagion et hospital)....ce retard est intéressant si la durée de contagiosité est courte.

[kercoz]

Pour le "R" , je ne suis pas certain qu'il indique un taux de reproduction par jour. R=2 me semble signifier que l' individu infecte 2 individu pendant qu' il est contagieux..

[emmort]

Coronavirus: une ville brésilienne aurait atteint le seuil d’immunité collective selon une étude

Manaus a enregistré 2.462 décès dus au Covid-19. Si c’était un pays, il aurait le deuxième taux de mortalité le plus élevé au monde, avec 100,7 décès pour 100.000 habitants.
Coronavirus: une ville brésilienne aurait atteint le seuil d’immunité collective selon une étude


Par Belga
Le 24/09/2020 à 08:31

Les habitants de la ville brésilienne de Manaus, fortement infectés par le coronavirus, bénéficieraient désormais d’un niveau d’immunité collective permettant de contrôler la circulation virale, selon une étude préliminaire publiée mercredi.

Selon le modèle mathématique utilisé par cette étude, publiée sur le site medRxiv, 66 % des habitants de Manaus, où la pandémie a fait un passage aussi rapide que brutal, posséderaient des anticorps contre le coronavirus.

Ce taux serait suffisamment élevé pour que la maladie ne puisse plus se propager efficacement, a indiqué le groupe de 34 chercheurs brésiliens et internationaux, auteurs de cette étude qui n’a cependant pas encore fait l’objet d’un examen par des pairs.

Située dans la forêt amazonienne, Manaus a été le théâtre d’images d’hôpitaux débordés, de cadavres entassés dans des camions frigorifiques et de fosses communes lorsque l’épidémie y était à son apogée, en mai.

Manaus a enregistré 2.462 décès dus au Covid-19. Si c’était un pays, il aurait le deuxième taux de mortalité le plus élevé au monde, avec 100,7 décès pour 100.000 habitants.

Mais le nombre de décès dans cette ville de 2,2 millions d’habitants a chuté de façon spectaculaire ces dernières semaines, pour atteindre une moyenne de 3,6 par jour au cours des 14 derniers jours.

« Il apparaît que l’exposition au virus lui-même ait entraîné une baisse du nombre de nouveaux cas et de décès à Manaus », a déclaré le coordinateur de l’étude, le professeur de médecine de l’université de Sao Paulo, Ester Sabino, à la Fondation de soutien à la recherche de l’Etat de Sao Paulo (Fapesp) qui a contribué à financer l’étude.

Manaus est l’une des villes du Brésil qui se déconfine le plus rapidement, pour ses écoles, entreprises, bars ainsi que son célèbre opéra.

https://plus.lesoir.be/327197/article/2 ... irect=true

[Remundo]

oui certes, peu importe de débattre sur ce "modèle" particulier

plutôt que de confiner à l'aveugle ou de laisser circuler tout le monde sans précaution, il fallait plutôt un système hybride qui confinait/restreignait les cas positifs et/ou les personnes à risques (âge + comorbidités) et laisser la population plus saine / résiliente vaquer à ses occupations.

Le Brésil ne s'est pas embarrassé et a décidé de laisser faire. Economiquement il s'y retrouvera. Moralement ça se discute.

[parisse]

Difficile de dire que la courbe des nouveaux cas a une allure exponentielle, on peut aussi dire que c'est lineaire: moyenne mobile sur 7 jours 31 aout 5200, 11 septembre 7800, 22 septembre 10400, soit environ +240 cas par jour sur la periode. C'est d'ailleurs assez normal de ne pas vraiment distinguer entre exponentielle et croissance lineaire puisque le R effectif est juste superieur a 1. En plus, les chiffres des nouveaux cas sont pollues par les delais d'attente de tests.

Je préfère prendre la moyenne lissée sur 7 jours que les valeurs quotidiennes individuelles. En partant du 1er août:
01.08.2020: 900/j
12.08.2020: 1'800/j (11 jours d'écart)
24.08.2020: 3'700/j (12 jours d'écart)
09.09.2020: 7'300/j (16 jours d'écart)
23.09.2020 10'900/j (14 jours d'écart, mais que x1.5)

Mais c'est precisement ce que j'ai fait et je l'ai dit ("moyenne mobile sur 7 jours").
Et effectivement on n'est peut-etre plus dans une dynamique exponentielle. En fait j'espere meme qu'on est proche du sommet de la 2eme vague, il y a des signes en ce sens.

[parisse]

le critère n'est pas tant de la valeur de R que dans le fait que tu regardes la courbe sur une période de temps qui n'est pas grande par rapport au temps de doublement tD Toutes les exponentielles ont la meme forme en "unité réduite" t/tD , mais sur un intervalle t/tD ≤ ~1 , elles paraissent à peu près linéaires (cf la courbe de la démographie vue à plusieurs échelles de temps différentes).

Ben c'est pareil en fait, parce que sauf erreur de ma part, le R est estime par SPF par une methode tres simple: on regarde le nombre de cas (reanimation/morts/etc.) la semaine S+1 et on divise par ceux de la semaine S. Donc sur k semaines, on voit un accroissement de R^k-1 si c'est exponentiel, or si R est proche de 1, a l'ordre 1, R^k-1=k*(R-1) donc exponentiel et lineaire sont difficiles a distinguer si R est proche de 1.

[tita]

pour le coup le nombre de cas est aussi tellement influencé par le nombre de tests que tu peux voir aussi la croissance exponentielle du nombre de tests .

On peut aussi voir la croissance exponentielle du nombre de test par le fait que le nombre de cas qu'on suspecte est en forte augmentation, donc on teste simplement plus. J'ai ajouté le nombre de test à côté du nombre de cas détecté... Et c'est évidemment pas proportionnel.

Pourtant, on entend régulièrement cet argument qu'il est normal de trouver plus de cas si on teste plus de gens.

[GillesH38]

le critère n'est pas tant de la valeur de R que dans le fait que tu regardes la courbe sur une période de temps qui n'est pas grande par rapport au temps de doublement tD Toutes les exponentielles ont la meme forme en "unité réduite" t/tD , mais sur un intervalle t/tD ≤ ~1 , elles paraissent à peu près linéaires (cf la courbe de la démographie vue à plusieurs échelles de temps différentes).

Ben c'est pareil en fait, parce que sauf erreur de ma part, le R est estime par SPF par une methode tres simple: on regarde le nombre de cas (reanimation/morts/etc.) la semaine S+1 et on divise par ceux de la semaine S. Donc sur k semaines, on voit un accroissement de R^k-1 si c'est exponentiel, or si R est proche de 1, a l'ordre 1, R^k-1=k*(R-1) donc exponentiel et lineaire sont difficiles a distinguer si R est proche de 1.

c'est à peu près ça mais pas tout à fait car le temps de doublement est plus ou moins l'inverse du taux de croissance (en fait l'inverse est le temps de doublement par e ). On est d'accord que plus R est proche de 1 plus ce temps est long, mais R est sans dimension donc il faut faire intervenir aussi le temps T pendant lequel un malade est contagieux (je pense que c'est T/ln(R) ou un truc proche). Ce que je voulais dire c'est que le caractère exponentiel dépend du temps sur lequel tu regardes, pour un R donné. Mais en fait la "croissance exponentielle" ne se voit bien comme telle que quand elle dure plusieurs temps de doublement, sinon elle ne se distingue pas d'une croissance linéaire.

[tita]

Coronavirus: une ville brésilienne aurait atteint le seuil d’immunité collective selon une étude

https://plus.lesoir.be/327197/article/2 ... irect=true

Lien vers l'étude en question:
https://www.medrxiv.org/content/10.1101 ... 1.full.pdf

C'est une prépublication, qui doit encore être revue par des pairs.

1'000 décès/mio d'habitants, c'est moins élevé que pour New-York (1'600 décès/mio d'habitants). Dans l'étude, on voit cependant d'autres courbes qui laissent penser que le bilan était plus élevé, et assez proche du taux observé à New-York. On aurait ainsi un CFR de 0.22% avec 66% de la population infectée (en prenant le bilan plus élevé).

Manaus a instauré un lockdown et la fermeture de commerce non-essentiels à partir du 23 mars. Puis a levé progressivement ces mesures à partir du 1er juin. La majeure partie des décès se sont produits entre avril et juillet.

Le point qui me chiffonne un peu, mais là je cherche un peu la petite bête, c'est que lorsque tu diminues fortement le taux de reproduction, même sans descendre en-dessous de 1, tu réduit aussi fortement la proportion de la population nécessaire à l'immunité collective. Donc ce n'est pas étonnant d'atteindre l'immunité collective lorsque les mesures sont en place pour diminuer le taux de reproduction. Mais du coup, tu n'atteins pas 66%. La contamination se serait donc produite dans la première vague.

L'autre point qui me chiffonne, c'est qu'à Saõ Paulo, le taux de décès est de 760/mio d'habitants, mais que le même protocole qu'ils utilisent dans leur étude montre un taux de séroprévalence de 22%.

A noter aussi qu'ils corrigent les données qu'ils obtiennent par les test de séroprévalence en estimant le nombre de faux négatifs pour connaître le vrai pourcentage de personnes qui ont été infectées. Les prélèvement se sont fait sur les dons du sang.

Si c'est correcte, ça montre que l'immunité collective serait atteignable au prix de quelques décès quand même. Ajoutons encore le fait que la durée de l'immunité procurée par une infection n'est pas connue.

[LeLama]

Dire que les cas contact ont à peine plus de chance que des personnes pris au hasard me parait aberrant. Il y a peut être (sans doute) des cas ou c'est vrai mais aussi plein de cas ou c'est complètement faux sinon la notion même aurait aucun sens (et les épidémiologues se fourrent le doigt dans l'oeil profonds..) Donc en moyenne les cas contacts devraient avoir des chances nettement plus élevé de test positif.

La difficulte est d'associer un sens précis aux mots "a peine plus" ou "nettement plus" élevé. On est tous d'accord qu'il y a probablement plus de cas dans les gens testés que pris au hasard mais combien ? Je n'en sais rien, mais 30% d'ecart entre les tests et la moyenne de la population me parait possible. Ca rentre dans ma définition de "a peine plus", mais peut etre que tu jugeras ca "nettement plus élevé Je ne crois pas comme tita par exemple a 30 fois plus de cas en proportion dans les tests que dans la population. Mais peut etre qu'il a raison...

Ce n'est pas la notion de cas contact au sens scientifique qui est remise en cause, c'est le fait de savoir si en ce moment, ceux qu'on appelle "cas contact" par les reglements administratifs en vigueur correspondent aux cas contact au sens scientifique. Mon opinion est que les notions de cas contact administratif ( ceux qui se font tester parce qu'ils cochent les cases) et cas contact scientifique sont sans trop de rapport l'un avec l'autre, sauf pour les cas contacts familiaux.

[LeLama]

Ca parait absurde si tu penses que les gens declarés comme contacts ont vraiment plus de chance d'avoir le covid. Pour moi, ce n'est pas le cas. Je pense effectivement que les cas contacts ont a peine plus de chances que ceux tires dans l'annuaire.

c'est évidemment faux,[...] la population des cas contacts a une proportion de malades bien plus grande,

Cf ma reponse a Nemo. Il est absurde de prendre un ton aussi frontalement en opposition alors que tu n'as pas dit ce que tu entendais par proportion bien plus grande et avant que tu m'aies demandé l'erreur que j'admettais de mon côté.

[tita]

Ca parait absurde si tu penses que les gens declarés comme contacts ont vraiment plus de chance d'avoir le covid. Pour moi, ce n'est pas le cas. Je pense effectivement que les cas contacts ont a peine plus de chances que ceux tires dans l'annuaire.

c'est évidemment faux,[...] la population des cas contacts a une proportion de malades bien plus grande,

Cf ma reponse a Nemo. Il est absurde de prendre un ton aussi frontalement en opposition alors que tu n'as pas dit ce que tu entendais par proportion bien plus grande et avant que tu m'aies demandé l'erreur que j'admettais de mon côté.

Définition de cas contact: "personne qui a été en contact direct (soirée, travail, cours, lieu clos) avec une personne dont l'infection est avérée, et ce sans protection ou mesure de distanciation (1m)". (la vrai définition est plus longue)

Si je te suis bien, tu estimes que la probabilité d'un cas contact d'avoir été infecté est à peine supérieure à la probabilité qu'une personne tirée au hasard dans la population soit infectée.

Donc, pour prendre certains chiffres, que les 16% des élèves infectés à Lyon donneraient une approximation du taux de personnes contaminées dans le département du Rhône (on va pas prendre toute la France). A priori un peu plus faible que 16%... Mais les tests ressortent avec 10% de personnes infectées dans ce département.

Est-ce que j'ai bien résumé ce que tu penses?

[LeLama]

Donc, pour prendre certains chiffres, que les 16% des élèves infectés à Lyon donneraient une approximation du taux de personnes contaminées dans le département du Rhône (on va pas prendre toute la France). A priori un peu plus faible que 16%... Mais les tests ressortent avec 10% de personnes infectées dans ce département.

Est-ce que j'ai bien résumé ce que tu penses?

Je ne comprends pas pourquoi tu voudrais que les eleves de lyon soient representatifs du departement du rhone. Il sont representatifs aussi de leur classe sociale. Et la distribution de la maladie n'a pas de raison d'etre homogene dans l'espace physique ou social.

Sur le plan de la representativité des tests, faut faire la balance avec les cas negatifs dont on ne parle pas et qui n'arrivent pas aux oreilles des medias. Chez nous, plusieurs thesards ont eté testés, tous negatifs. Si on fait le bilan sur tous les etudiants du rhone testés, est-ce qu'on a plus en moyenne que les etudiants au hasard ? Est ce que les etudiants sont surreprésentés dans les tests ? Je ne sais pas repondre a ces 2 questions.

[LeLama]

Je pourrais meme facilement envisager des biais dans le sens inverse. Les etudiants ne se font pas tester parce qu'ils ne se sentent pas en danger et qu'ils ne veulent pas changer de vie. Mais ils sont plus positifs que la moyenne. Donc une sous-ponderation d'une categorie surcontaminee, ce qui contribuerait a une sous-estimation du nb de cas. C'est un peu ce qui s'est passé pour mon fils. Un gamin positif dans sa classe de cm1. Je ne lui ai pas fait subir de test, c'etait pas obligatoire a son age d'apres le papier de l'ars qu'on a recu.