Le Coronavirus Covid19

[alain2908]

analyse très interessante

[energy_isere]

Coronavirus: La France est repassée au-dessus de 1.000 patients en réanimation
REUTERS•24/09/2020

https://www.boursorama.com/actualite-ec ... c518e671c8

[hyperion]

Une pandémie qui ralentit malgré tout
Londres, le mercredi 23 septembre 2020 – Alors que le cap du million de mort depuis le début de l’épidémie de coronavirus approche, la Covid tue de moins en moins dans le monde chaque jour. Au Royaume-Uni, les mesures de restriction se renforcent.

A entendre chaque jour les messages alarmistes des hommes politiques, des journalistes mais également de certains épidémiologistes et médecins, le citoyen non-averti pourrait croire que la pandémie de coronavirus n’a jamais été aussi grave et que l’humanité est actuellement au bord de la catastrophe. Mais une analyse des chiffres dément rapidement cette crainte : la pandémie de Covid-19 ralentit de façon incontestable.
De moins en moins de morts même en Europe
Lentement mais surement, la mortalité baisse, avec environ 5 200 morts par jour dans le monde, soit une baisse quasi continue depuis 2 mois. Après le pic européen du mois d’avril (8 500 décès quotidiens) et le pic américain du mois de juillet (7 000 décès par jour), l’humanité connait une période d’accalmie. En décalage total avec le discours permanent sur la seconde vague, le nombre de contaminations est en stagnation, autour des 280 000 cas par jour dans le monde. Le taux de létalité (nombre de décès par rapport au nombre de cas) n’a jamais été aussi bas, autour des 3 % (contre 7 % en avril). En Europe on constate une augmentation significative du nombre de cas (63 000 contaminations par jour contre 48 000 en avril) mais une mortalité de plus en plus faible (400 décès quotidiens contre 5 200 en avril).

Malgré ce bilan globalement rassurant, certaines régions du monde continuent à être des sources d’inquiétude. Tandis que la situation s’améliore sensiblement en Amérique latine, elle se dégrade en Argentine qui déplore plus de 400 morts par jour. Même inquiétude en Espagne (200 décès quotidiens), pays le plus touché par la « seconde vague » européenne. A l’autre bout du monde, l’Inde est désormais le nouvel épicentre de l’épidémie, avec une mortalité qui stagne cependant à 1 100 morts quotidiens (pour une population de 1,4 milliard d'habitants). Au total, 976 000 personnes sont décédées du Covid-19 dans le monde depuis le début de la pandémie.
Le Royaume-Uni renforce les restrictions
Au Royaume-Uni, où l’augmentation du nombre de nouvelles contaminations (entre 4 500 et 5 000 par jour, soit toujours moins qu'en France) continue d’inquiéter les autorités, le Premier Ministre Boris Johnson a annoncé ce mardi soir une nouvelle batterie de mesures visant, selon lui, à éviter tout retour au confinement généralisé. Dès ce jeudi, les pubs anglais auront ainsi l’obligation de fermer leurs portes dès 22h, tandis que les mariages et les enterrements devront se faire en petit comité (respectivement pas plus de 15 et 30 personnes). Depuis le 14 septembre, les Anglais ont déjà l’interdiction de se réunir à plus de 6 personnes en public comme en privé tandis que 13 millions de Britanniques vivant dans des zones de forte circulation du virus sont soumis à des restrictions renforcés, notamment s’agissant des déplacements "non-essentiels".

Lors de son discours à la nation, le chef du gouvernement a également appelé les Britanniques à privilégier le télétravail, pour au moins les six prochains mois. Très décrié pour sa gestion de l’épidémie (qui a failli lui couter la vie), Boris Johnson doit jouer les équilibristes, alors que son propre camp conservateur est divisé sur la réponse à apporter à la seconde vague. Il a ainsi désavoué son ministre de la santé, Matt Hancock, qui a publiquement plaidé pour la fermeture totale des pubs et restaurants et des fermetures ponctuelles d’école. A l’inverse, Graham Brady, a pris la tête d’une fronde parlementaire qui appelle à lever les restrictions pour sauver la liberté et l’économie.

« Il y a une différence entre notre pays et les autres : le nôtre aime la liberté et il très difficile de demander à la population britannique d’obéir aux règles » a ainsi résumé Boris Johnson, qui mène pourtant l’une des politiques les plus restrictives d’Europe.

QH

Copyright © http://www.jim.fr

[LeLama]

je peux juste te faire part d'une experience personnelle et qui me semble quand meme assez courante: je me suis deja fait tester pour le vih et je fais attention, je ne me ferai pas tester pour le covid sauf obligation et je fais moins attention....

j'ai bien compris, mais ça n'induit une baisse de positivité que si ton attitude est plus courante chez ceux qui sont contaminés que chez ceux qui ne le sont pas

Ben il me semble que ca induit un bias, Mettons 200 personnes : 100 qui ont peur, prennent moins de risque et se testent davantage, 100 qui ont moins peur, prennent plus de risque et se testent moins.
chez ceux qui ont moins peur : 70 positifs, 30 se font tester
chez ceux qui ont davantage peur : 30 positifs, 70 se font tester.
Posiitfs reels : 50%
Positifs testés : 42%

Ces chiffres sont imaginaires, mais si l'absence de peur est liee a la fois a plus de risques pris et moins de tests, ben ca fausse les stats vers le bas.

Ca me semble assez probable. Par exemple, y'a tout un paquet de complotistes ( tres nombreux sur les rezosocios) qui expliquent que le covid n'existe pas, c'est fomenté par l'etat pour nous museler etc... Ces gens ne prennent aucune mesure sanitaire, voire provoquent en se touchant de pres, ont evidemment davantage de chances d'etre positifs, mais ne se font pas tester.

[LeLama]

Pour le Covid, est-ce que si tu développes des symptômes comme un fort état grippal ou une anosmie tu n'irais quand même pas te faire tester de ton propre chef?

C'est toujours difficile d'assurer par avance ce qu'on fera tant qu'on n'est pas confronté a la situation. Mais je pense qu'il faudra que les symptomes soient assez forts pour que j'aille chez mon medecin qui me prescrira alors peut etre un test. Si je suis juste un peu malade, ben voila, pour les gens de mon age, c'est pas dangereux, en plus j'ai pas de comorbidités, donc y'a pas de raison que je m'affole parce que je l'attrappe. Le cfr de la grippe saisonniere, c'est 0.1%. Difficile a dire, mais ca pourrait etre assez voisin du covid actuel moins letal qu'a la premiere vague. Donc y'a pas de raison de s'affoler si on attrappe le covid pusiqu'en general on s'affole pas si on attrappe la grippe.

Le covide est beaucoup plus contagieux que la grippe. Y'a davantage de malades, donc davantage de morts, Mais individuellement, si on est en bonne santé sans comorbidité, y'a normalement pas de raison de reagir differemment de ce qu'on fait avec la grippe. Ce qui ne veut pas dire ne rien faire evidemment. Quand tu as la grippe et que tu montes a plus de 40, tu appelles le medecin... Mais si tu as un etat grippal a 38.5, tu peux laisser couler et attendre, juste surveiller que ca n'empire pas.

[energy_isere]

Coronavirus: Plus de 16.000 nouvelles contaminations en France, un record
REUTERS•24/09/2020

https://www.boursorama.com/actualite-ec ... 6d1368f88a

[GillesH38]

je peux juste te faire part d'une experience personnelle et qui me semble quand meme assez courante: je me suis deja fait tester pour le vih et je fais attention, je ne me ferai pas tester pour le covid sauf obligation et je fais moins attention....

j'ai bien compris, mais ça n'induit une baisse de positivité que si ton attitude est plus courante chez ceux qui sont contaminés que chez ceux qui ne le sont pas

Ben il me semble que ca induit un bias, Mettons 200 personnes : 100 qui ont peur, prennent moins de risque et se testent davantage, 100 qui ont moins peur, prennent plus de risque et se testent moins.
chez ceux qui ont moins peur : 70 positifs, 30 se font tester
chez ceux qui ont davantage peur : 30 positifs, 70 se font tester.
Posiitfs reels : 50%
Positifs testés : 42%

Ces chiffres sont imaginaires, mais si l'absence de peur est liee a la fois a plus de risques pris et moins de tests, ben ca fausse les stats vers le bas.

oui tu fabriques une situation artificielle où ceux qui sont le plus contaminés se font le moins tester parce qu'ils ont moins peur ...

Mais c''est tres loin de la réalité, en réalité sur 100 personnes il y a bien moins que 30 % qui se font tester , tout simplement parce qu'on n'a pas du tout assez de test. Ce ne sont pas 30 ou 70 qui se font tester; mais 3 ou 4, et bien évidemment parmi ces 3 ou 4 il y a plus de chance d'avoir des positifs que dans le total. Meme les gens qui ont peur ne se font pas tester en masse sans raison, c'est désagréable, il faut prendre rendez vous, faire la queue... ils ne se font tester que si il y a une bonne raison, et donc un biais positif.

Edit : ça marche meme pas ton exemple, si tu veux dire que tous les positifs se font tester, il y a 60 positifs (30 +30 ) au total, pour 100 tests, donc 60 % de positifs parmi les testés contre 50 % en réalité ... il faut que tu fabriques une situation encore plus alambiquée ou les positifs se font moins tester que les négatifs !!!

[LeLama]

Edit : ça marche meme pas ton exemple, si tu veux dire que tous les positifs se font tester, il y a 60 positifs (30 +30 ) au total, pour 100 tests, donc 60 % de positifs parmi les testés contre 50 % en réalité ... il faut que tu fabriques une situation encore plus alambiquée ou les positifs se font moins tester que les négatifs !!!

Si si ca marche bien . Sur ceux qui ont peur, 30% de positifs, 70 se font tester donc, en moyenne 21 déclarés positifs. Idem chez ceux qui ont moins peur 70% de positifs, 30 tests, donc 21 positifs. Au total 42 positifs, et 100=30+70 tests realisés. Donc 42% de positifs trouvés, alors que le vrai chiffre est 50%.

[LeLama]

Meme les gens qui ont peur ne se font pas tester en masse sans raison, c'est désagréable, il faut prendre rendez vous, faire la queue... ils ne se font tester que si il y a une bonne raison, et donc un biais positif.

Ce que je trouve fascinant, c'est ton assurance de pouvoir savoir sans chiffres. Il se peut que tita et toi aient raison, c'est pas le fait que tu aies une conviction qui me surprend. C'est le fait que tu n'arrives pas a integrer un argument d'incertitude. Au lieu de dire qu'il y a des biais dans tous les sens, et que c'est difficile de savoir quel est le resultat final, tu affirmes que tu sais qu'il y a un gros biais d'un facteur genre 10.

Ca me fait penser a la discussion sur les masques (avec d'autres que toi). Y'a des arguments dans les 2 sens. J'ai une conviction mais je reconnais que je peux pas trancher fermement (meme si les etudes randomisees sont de mon coté). Et je me retrouve face a des gens qui selectionnent uniquement les arguments qui vont dans leur sens et qui disent savoir.

Ca me semble un peu le schéma de notre discussion. J'essaie de te montrer que ce n'est pas si certain, et tu me dis que si,si, il est evident que ton raisonnement est le bon. Je vois ce raisonnement chez pas mal de scientifiques ( dont probablement moi quand je suis convaincu). Je trouve ca assez fascinant notre capacité d'aveuglement par nos propres croyances et notre capacité a écarter les arguments qui ne vont pas dans notre sens.

[GillesH38]

Meme les gens qui ont peur ne se font pas tester en masse sans raison, c'est désagréable, il faut prendre rendez vous, faire la queue... ils ne se font tester que si il y a une bonne raison, et donc un biais positif.

Ce que je trouve fascinant, c'est ton assurance de pouvoir savoir sans chiffres. Il se peut que tita et toi aient raison, c'est pas le fait que tu aies une conviction qui me surprend. C'est le fait que tu n'arrives pas a integrer un argument d'incertitude. Au lieu de dire qu'il y a des biais dans tous les sens, et que c'est difficile de savoir quel est le resultat final, tu affirmes que tu sais qu'il y a un gros biais d'un facteur genre 10.

pourtant, les chiffres à l'appui de cette thèse, je te les ai donnés : si le taux de positivité des personnes testées était le même que celui dans la population, de l'ordre de 5%, ça voudrait dire qu'il y a 3,3 millions de personnes positives en France (5% de 67 millions ça fait bien 3,3 millions ? ). Si la positivité dure 24 jours, chiffre que tu donnes toi même, ça veut dire une moyenne de 3,3 millions /24 = 137 500 contaminations par jour. Tu as essayé de contester cette estimation sur le fait que ça donnait un R de 24 mais je t'ai montré que non, ça ne voulait rien dire sur R, on pouvait meme avoir R =1 avec un chiffre stable dans le temps (ce qu'il n'est pas mais il n'y a rien qui soit contradictoire avec le R estimé), et tu as fini par reconnaitre que le calcul est juste. Et si il y a 137 500 contaminations par jour et seulement 50 morts, ça veut dire un taux de létalité de 50 /137500 = 0,03 %, 3 pour 10 000. Ce sont des estimations tres simples et très robustes, aucun besoin de diagonaliser des matrices. Même le fait que le nombre croisse avec le temps n'introduit au plus qu'un facteur 2 d'incertitude vu que le temps de croissance est de quelques semaines, donc entre 0,03% et 0,06 % est une estimation conservative du taux de létalité.

Et 0,06 % c'est 10 fois moins que tout ce qui a été publié jusque là, et ça signifie au maximum 20 000 morts dans toute la population française, avec 100 % de contaminations, plutot 10 000 si on tient compte de l'immunité collective, donc pas plus que la grippe saisonnière. Si tu as raison, toutes les mesures prises sont ridicules, et tout sera terminé dans 3 mois.
Donc :

a) Ca me parait une hypothèse extrêmement improbable que la létalité du virus ait baissé d'un facteur 10 magiquement et qu'on ait en gros autant de contaminations qu'en mars avec juste 10 fois moins de morts
b) ça me parait extrêmement improbable qu'aucun épidémiologiste n'ait fait ce diagnostic sans réagir en disant qu'on arrêtait tout et que la covid-19 était juste devenue une maladie somme toute assez bénigne
c) la seule façon d'échapper à ces conclusions , c'est la première hypothèse, tout le reste étant très robuste, et donc il faut 10 fois moins de positifs dans la population que dans les personnes testées, ce qui est une hypothèse tout à fait probable (en tout cas pas du tout improbable ) vu tous les biais qui peuvent exister (note qu'un biais négatif rendrait l''estimation précédente encore plus problématique puisqu'elle baisserait encore plus le taux de létalité !!)

Je te donne un argument bayesien qui justifie l'improbabilité de ton hypothèse, qui implique une baisse d'un facteur 10 de la létalité : alors applique à toi même ta critique et dis moi en quoi MON hypothèse est fortement improbable, c'est à dire quel fait serait très improbable de se produire si elle était vraie ?

[GillesH38]

Edit : ça marche meme pas ton exemple, si tu veux dire que tous les positifs se font tester, il y a 60 positifs (30 +30 ) au total, pour 100 tests, donc 60 % de positifs parmi les testés contre 50 % en réalité ... il faut que tu fabriques une situation encore plus alambiquée ou les positifs se font moins tester que les négatifs !!!

Si si ca marche bien . Sur ceux qui ont peur, 30% de positifs, 70 se font tester donc, en moyenne 21 déclarés positifs. Idem chez ceux qui ont moins peur 70% de positifs, 30 tests, donc 21 positifs. Au total 42 positifs, et 100=30+70 tests realisés. Donc 42% de positifs trouvés, alors que le vrai chiffre est 50%.

ah oui c'est vrai que dans ton hypothèse les gens se font tester complètement au hasard et de manière non corrélée avec leur contamination . Donc tu construis une situation avec un facteur de confusion qui entraine que les personnes les moins contaminées se font le plus tester .

Puisque tu fais des considérations générales sur les croyances, c'est intéressant de décortiquer ton raisonnement.La seule chose que tu démontres, c'est que la situation que tu décris est possible mathématiquement, c'est à dire que l'ensemble des possibles conduisant à ton résultat est non vide. Ce que j'accepte de bonne grâce.

Sauf que c'est loin de suffire pour établir une conviction. Pour être convaincu que c'est bien le cas, il faut que tu présentes un argument bayesien, c'est que cette hypothèse est bien plus probable que l'hypothèse inverse. Et pour ça , il faut un argument bayesien diminuant la probabilité de l'hypothèse inverse, c'est à dire que tu expliques pourquoi , dans l'hypothèse inverse, les faits observés deviendraient très improbables. Chose que je n'ai nullement vue.

La discussion est intéressante car je retrouve le même problème dans la peur climatique : la peur climatique repose uniquement sur le fait qu'il existe des scénarios qui font peur. IL n'y a aucune analyse bayesienne que ces scénarios soient probables , c'est à dire que les scénarios peu dangereux soient improbables. C'est pourtant un ingrédient essentiel d'une évaluation de risque.

[GillesH38]

ceci dit je m'aperçois que j'étais contradictoire avec moi même en disant qu'il y avait 10 fois plus de contaminations que ce qu'on détectait, puisque ça revient à peu près à dire la même chose que toi
Un facteur 2 ou 3 parait plus raisonnable, ce qui fait encore une mortalité plus faible qu'en mars, mais ça peut s'expliquer par une distribution en âge différente .

[GillesH38]

Une pandémie qui ralentit malgré tout
Londres, le mercredi 23 septembre 2020 – Alors que le cap du million de mort depuis le début de l’épidémie de coronavirus approche, la Covid tue de moins en moins dans le monde chaque jour. Au Royaume-Uni, les mesures de restriction se renforcent.

A entendre chaque jour les messages alarmistes des hommes politiques, des journalistes mais également de certains épidémiologistes et médecins, le citoyen non-averti pourrait croire que la pandémie de coronavirus n’a jamais été aussi grave et que l’humanité est actuellement au bord de la catastrophe. Mais une analyse des chiffres dément rapidement cette crainte : la pandémie de Covid-19 ralentit de façon incontestable.
De moins en moins de morts même en Europe
Lentement mais surement, la mortalité baisse, avec environ 5 200 morts par jour dans le monde, soit une baisse quasi continue depuis 2 mois. Après le pic européen du mois d’avril (8 500 décès quotidiens) et le pic américain du mois de juillet (7 000 décès par jour), l’humanité connait une période d’accalmie

c'est plutot une stabilisation qu'un ralentissement

https://ourworldindata.org/covid-deaths

a mon avis, il y a des mécanismes simples qui peuvent l'expliquer, c'est que les mesures de protection augmentent dans les pays où l'épidémie croit rapidement, et se desserrent là ou elle décroit. Ca joue le même rôle qu'un asservissement avec rétroaction faisant converger la valeur moyenne de R vers 1, c'est à dire un nombre de morts journaliers à peu près stable. Ca ne veut absolument pas dire que l'épidémie a disparu au sens où il n'y a pas besoin de prendre de mesures, bien au contraire, ce sont ces mesures qui stabilisent la courbe. Si on relâche tout, ça peut tout à fait repartir. Le monde tâtonne et tente de définir la proportion de mesures contraignantes permettant de contrôler l'épidémie sans trop sacrifier son économie, ce qui se fait par une sorte de "main invisible" .

[LeLama]

Si la positivité dure 24 jours, chiffre que tu donnes toi même,

Oui, oui, je me suis rendu compte que je contestais le calcul que j'avais fait moi même un jour ou 2 avant Et que tu contestais au moment ou je l'ai fait Bon, je reconnais que c'est plus logique de contester d'abord et d'appliquer ensuite quand on est convaincu que de faire le calcul comme je l'ai fait et de le contester ensuite quand quelqu'un d'autre le fait

C'est interessant la aussi en termes psychologiques. Il y avait de l'espace pour un quiproquo par ta formulation, et je me suis engouffré dans l'interpretation qui permettait de contester le calcul. Biais de selection d'hypotheses qui permettaient de consolider ma propre pensee....

Bon, maintenant on est tous les deux d'acc sur ce calcul !

[LeLama]

La discussion est intéressante car je retrouve le même problème dans la peur climatique
: la peur climatique repose uniquement sur le fait qu'il existe des scénarios qui font peur.
IL n'y a aucune analyse bayesienne que ces scénarios soient probables , c'est à dire que les scénarios peu dangereux soient improbables. C'est pourtant un ingrédient essentiel d'une évaluation de risque.

Je suis d'accord que la peur tend a privilegier des scenarios improbables. Mais justement, il me semble que la peur ici est du côté du camp de ceux qui supposent un CFR elevé. Les publis scientifiques avec données totalement pourries ont commencé avec un cfr largement superieur a 1% par sous-estimation du nombre de cas. Ce cfr a été continuellement revu a la baisse. Le seul chiffre a methodo un peu robuste que je connaisse en ce moment, c'est l'etude sur manaus, ou il y a un cfr de 0.2% environ. Il faut savoir que c'est sur une population tres pauvre, et il est bien documenté que les plus pauvres meurent davantage de tout, et c'est sur des variants du virus d'il y a qq mois moins adaptés a l'homme ( le virus a interet a s'adapter et à ne pas tuer son hote pour se reproduire le plus possible, d'une certaine facon, la baisse continuelle de virulence est assez naturelle).

Donc en termes bayesiens, la proba que le cfr soit 0.3% dans une population riche et bien nourrie et avec les variants viraux actuels comme tu le supposees me semble assez faible, elle repose sur des chiffres construits sur la peur et revus continuellement a la baisse.

L'incertitude de ton cote est celle du cfr. Celle de mon coté vient de la representativité des tests. Il y a eu 10 millions de tests depuis mi mai en france. J'ai du mal a imaginer avec un testage aussi massif que ce ne soit pas du tout representatif de la population francaise.

En termes bayesiens, il faut choisir l'hypothese la plus probable:
- hypothese 1: le cfr est mal evalué
- hypothese 2: les 10 millions de tests faits en france (1/7 de la population) ne sont pas representatifs et grossierement faux.