Covid-19 les vaccins

[Jeudii]

on finirait par douter et penser que ceux qui ont acces aux donnees brutes ont choisi un eclairage statistique partial.

Si ça se trouve ils te lisent ici et ensuite changent les chiffres juste pour te faire chier toi personnellement. Heureusement que ta finesse d'analyse est là pour les percer à jour.

[GillesH38]

ça finira par "nettoyer" les plus sensibles de toutes façons, comme il s'est passé pour tous les virus. Mais probablement les jeunes qui sont bien moins touchés s'immuniseront progressivement, et feront sans doute des réactions moins violentes.

Qui te ne dis pas que ceux qui sont passés "à travers" ne sont pas plus ou moins impactés...le covid long étant un extrême ...et que ces gens sont prédisposés à une réaction plus violente lors de la "bossa nova". C'est une hypothèse à ne pas négliger. De plus, il me semble que tu fais une assimilation rapide entre l' immunité collective ( qui ne concerne qu' un variant) et l' immunité génétique (qui demande plutôt des siècles).

je ne parle pas d'immunité génétique , j'ai des petits enfants de moins de 10 ans, les parents ont eu la covid et eux ça ne leur a rien fait. Si le virus devient endémique, je pense qu'il le rencontreront de nombreuses fois et se 'revaccineront" spontanément pour éviter probablement les formes graves.

[GillesH38]

Je sais que ça peut sembler paradoxal par rapport à la situation actuelle au Chili (confinement) et leur campagne de vaccination (69 doses pour 100 habitants actuellement). Mais voilà

Ouaip, il doit y avoir de la bonne ingenieurie statistique au chili aussi Situation assez similaire a israel et l'angleterre : explosion de cas qui coincide temporellement avec le debut de la vaccination

a part par une forme de pensée magique, je ne vois pas comment on peut penser associer causalement un "début de vaccination" avec une flambée ou un arrêt brutal de l'épidémie. La vaccination ne touche au début par définition que quelques % de la population, elle ne peut donc faire varier R que de quelques centièmes . C'est pas ça qui peut produire ni arrêter une "flambée" qui exige une variation de R de plusieurs dixièmes au moins . Donc évidemment les causes sont à chercher ailleurs que dans le "début de la vaccination", plutot des changements de comportements (éventuellement dus à la diffusion du virus dans d'autres milieux / classes d'age) ou l'apparition de variants.

[LeLama]

La vaccination ne touche au début par définition que quelques % de la population, elle ne peut donc faire varier R que de quelques centièmes . C'est pas ça qui peut produire ni arrêter une "flambée" qui exige une variation de R de plusieurs dixièmes au moins . Donc évidemment les causes sont à chercher ailleurs que dans le "début de la vaccination", plutot des changements de comportements (éventuellement dus à la diffusion du virus dans d'autres milieux / classes d'age) ou l'apparition de variants.

Le chili, c'est pas loin de 20% de vaccination par mois. Le chiffre que j'avais donne' pour la grippe, c'est 6 fois plus de virus dans l'haleine des multi-vaccinés. Et comme le soulignait tita, y'a des super-spreaders qui peuvent contaminer 20 personnes. Il en suffit de peu pour changer la dynamique. Y'a largement la place numeriquement avec qq super spreaders pour une flambee, par exemple, si t'es super spreader pendant quinze jours apres la vaccination, toutes choses egales par ailleurs ( le R aurait plus ou moins une forme de fonction de Heavyside).

En revanche, ta critique vaut pour ta propre proposition d'explication : l'apparition de variants ne montre aucune discontinuité.

Pour le changement de comportement, ils ont confiné, donc a priori on s'attend plutot a une baisse qu'a une flambee de l'epidemie au niveau du R.

[tita]

Pour le changement de comportement, ils ont confiné. Tu veux dire que le confinement provoque une flambee de l'epidemie ? T'avais dit exactement le contraire jusqu'a present.

Là, tu es de mauvaise foi. Ils ont instauré un "confinement" depuis début avril. La flambée épidémique a démarré fin février, au moment où le Chili envisageait plutôt de lever des restrictions (ouverture des écoles).

Et comme toujours, on parle de "confinement" comme si c'était homogène et très strict. Leur stratégie est sur plusieurs "étapes" (quarantaine, transition, préparation, ouverture initiale, ouverture avancée), et les régions passent d'une étape à l'autre en fonction de leur situation épidémique. Du coup, oui, ils ont instauré la quarantaine dans plusieurs régions fin mars, et ils envisagent actuellement de passer plusieurs régions à l'étape transition, et d'autres à préparation.

https://chilereports.cl/en/news/2020/08 ... )-strategy

Avec 69 doses pour 100 habitants, le Chili fait en effet partie des pays qui ont le plus vacciné. Ce n'est pas spécialement nettement plus rapide qu'aux USA cependant, et ils ne sont pas très loin devant (USA 62 doses pour 100 habitants). Le Chili se trouvait à 18 doses pour 100 habitants le 1er mars, les USA à 23. L'union européenne en est seulement à 25 doses pour 100 habitants actuellement.

Tu peux interpréter tout ça comme tu as envie. Néanmoins, je pense qu'ils sont entré dans leur phase de sortie de crise actuellement, ce qui est très loin d'être le cas de ses voisins comme l'Argentine.

[GillesH38]

En revanche, ta critique vaut pour ta propre proposition d'explication : l'apparition de variants ne montre aucune discontinuité.

qu'est ce que tu veux dire par aucune discontinuité ?
grosso modo, l'apparition d'un nouveau variant conduit à une somme de deux exponentielles (dont l'une peut etre décroissante et l'autre croissante). Une somme de deux exponentielle ressemble beaucoup à l'exponentielle dominante initialement au départ et à l'exponentielle dominante finalement (celle de plus grand R) à la fin, donc apparait justement comme une rupture assez brutale quand la 2e exponentielle se met à prédominer. C'est pas le même comportement qu'une couverture vaccinale qui croit progressivement, plus ou moins linéairement.

[energy_isere]

https://www.boursorama.com/actualite-ec ... bec31af15c

[Glycogène]

qu'est ce que tu veux dire par aucune discontinuité ?

Y a-t-il une corrélation entre l'apparition d'un nouveau variant et une augmentation de R ?
J'ai regardé pour la France, il n'y a pas de corrélation. Il y a trop de facteurs qui influencent R.
Ca ne veut pas dire que l'apparition d'un nouveau variant n'influence pas le R, car ton explication de l'influence d'un variant sur le R tient la route.
Tout comme ça ne prouve pas que la vaccination n'influence pas le R (à la hausse, puis à la baisse), alors que l'explication de LeLama tient aussi la route.
Tout ça pour dire que ce n'est pas derrière un clavier qu'on peut prouver quoi que ce soit à ce sujet, en tout cas avec les données publiques.

[tita]

Tout ça pour dire que ce n'est pas derrière un clavier qu'on peut prouver quoi que ce soit à ce sujet, en tout cas avec les données publiques.

Je signale juste que ce que raconte LeLama est purement basé sur les données publiques (donc l'observation des courbes), et non sur des allégations scientifiques. Y'a pas de papier qui explique que la vaccination en elle-même provoque une hausse du R.

Quand au taux de transmission plus élevé du variant B.1.1.7, il est constaté par plusieurs sources scientifiques.

Là, tu nous fais une entourloupe pour mettre LeLama et Gilles au même niveau de preuve, en utilisant ta propre appréciation des données publiques.

[GillesH38]

qu'est ce que tu veux dire par aucune discontinuité ?

Y a-t-il une corrélation entre l'apparition d'un nouveau variant et une augmentation de R ?
J'ai regardé pour la France, il n'y a pas de corrélation. Il y a trop de facteurs qui influencent R.
Ca ne veut pas dire que l'apparition d'un nouveau variant n'influence pas le R, car ton explication de l'influence d'un variant sur le R tient la route.
Tout comme ça ne prouve pas que la vaccination n'influence pas le R (à la hausse, puis à la baisse), alors que l'explication de LeLama tient aussi la route.
Tout ça pour dire que ce n'est pas derrière un clavier qu'on peut prouver quoi que ce soit à ce sujet, en tout cas avec les données publiques.

Il n'y a aucune corrélation immédiate à attendre de toutes façons. Le R est un R moyen sur toute la population. Au début de l'apparition d'un nouveau variant de taux de reproduction R2 différent du taux initial R1 , il est par définition minoritaire, donc le R moyen = a1 R1 + a2 R2 où a1 et a2 sont les proportions de malades ayant le variant 1 ou 2 reste proche de R1. donc le développement du variant 2 ne se voit pas immédiatement sur le R. Mais la proportion de 2 sur 1 varie en (R2/R1)^t et donc croit exponentiellement si R2 > R1. Ca veut dire que le R passera de R1 à R2 assez rapidement quand a2 deviendra plus grand que a1. Ca donne donc l'impression d'une montée assez brutale des cas , mais pas quand le variant est détecté, mais plus tard quand le variant devient prédominant.

Après bien sur le R varie pour tout un tas d'autres raisons, dont l'adaptation des comportements et des mesures qui tendent à ramener R autour de 1. On va passer donc d'une situation où R1 ~ 1 et R2 > 1 (situation de janvier février pour le variant anglais) à une situation où R1 < 1 et R2 ~ 1 (situation actuelle), avec extinction de l'ancien variant au profit du nouveau.

[alain2908]

https://www.boursorama.com/actualite-ec ... bec31af15c

Étonnant de voir que les départements où la vaccination est la plus avancée sont ceux où le taux d'incidence est le moins fort.
Et en Seine et Marne, ils ont pas l'air stressés....

[LeLama]

qu'est ce que tu veux dire par aucune discontinuité ?
grosso modo, l'apparition d'un nouveau variant conduit à une somme de deux exponentielles (dont l'une peut etre décroissante et l'autre croissante). Une somme de deux exponentielle ressemble beaucoup à l'exponentielle dominante initialement au départ et à l'exponentielle dominante finalement (celle de plus grand R) à la fin, donc apparait justement comme une rupture assez brutale quand la 2e exponentielle se met à prédominer. C'est pas le même comportement qu'une couverture vaccinale qui croit progressivement, plus ou moins linéairement.

Tes discontinuités, elles sont de nature culturelle, et pas de nature scientifique. Definir des variants, c'est comme essayer de definir des races a l'interieur de la population humaine, c'est subjectif, et en fonction de ton choix de classification, tu vas obtenir des resultats differents. Par exemple, est ce qu'en ce moment ce sont les blancs ou les noirs qui ont une exponentielle dominante dans la pop humaine ? Ben si tu mets les metis dans les blancs, tu auras des resultats tres differents de si tu mets les metis dans les noirs, parce que y'a plein de brassages sociaux qui fait que maintenant y'a plein de metis. C'est la meme chose pour les variants. Y'a pas de definition scientifique, c'est une classification subjective qui depend du materiel disponible pour faire le sequencage, des habitudes culturelles pour ce qui est publiable ou pas, des choix des methodes statistiques... La realité est un flot continu de genes.

Est-ce qu'on trouvera qq chose d'interessant avec cette approche ? Je ne suis pas certain. Ca fait plusieurs dizaines d'annees que certains travaillent sur les ogm. Les promesses qu'on nous a faites y'a 30 sur la comprehension du genome et du riz doré riche en vitamine A etc... sont encore des promesses aujourd'hui. Je n'ai rien vu circuler d'interessant sur les variants. Ca ressemble beaucoup a la science de mauvaise qualité qu'il y a eu sur les blancs et les noirs. On fait des mesures dans tous les sens, et y'a pas beaucoup d'explicatif. C'est juste tendance parce que ca repose sur du genie moleculaire. Mais je ne suis pas certain qu'il y ait qq chose de pertinent et d'utile.

[LeLama]

Je signale juste que ce que raconte LeLama est purement basé sur les données publiques (donc l'observation des courbes), et non sur des allégations scientifiques. Y'a pas de papier qui explique que la vaccination en elle-même provoque une hausse du R.

Enfin, quand meme, tout le monde l'a remarqué. D'ailleurs, je vois pas bien comment ce serait publiable. Tu comptes publier quoi : faire une liste de 10 graphes ou tu vois que la majorité des pays fortement vaccinés ont pris la douche juste apres ?

[GillesH38]

qu'est ce que tu veux dire par aucune discontinuité ?
grosso modo, l'apparition d'un nouveau variant conduit à une somme de deux exponentielles (dont l'une peut etre décroissante et l'autre croissante). Une somme de deux exponentielle ressemble beaucoup à l'exponentielle dominante initialement au départ et à l'exponentielle dominante finalement (celle de plus grand R) à la fin, donc apparait justement comme une rupture assez brutale quand la 2e exponentielle se met à prédominer. C'est pas le même comportement qu'une couverture vaccinale qui croit progressivement, plus ou moins linéairement.

Tes discontinuités, elles sont de nature culturelle, et pas de nature scientifique. Definir des variants, c'est comme essayer de definir des races a l'interieur de la population humaine, c'est subjectif, et en fonction de ton choix de classification, tu vas obtenir des resultats differents. Par exemple, est ce qu'en ce moment ce sont les blancs ou les noirs qui ont une exponentielle dominante dans la pop humaine ? Ben si tu mets les metis dans les blancs, tu auras des resultats tres differents de si tu mets les metis dans les noirs, parce que y'a plein de brassages sociaux qui fait que maintenant y'a plein de metis. C'est la meme chose pour les variants.

Y'a pas de definition scientifique, c'est une classification subjective qui depend du materiel disponible pour faire le sequencage, des habitudes culturelles pour ce qui est publiable ou pas, des choix des methodes statistiques... La realité est un flot continu de genes.

Le lama, sans être méchant, tu devrais te renseigner sur la biologie et les virus avant d'écrire n'importe quoi. Un virus c'est JUSTE une molécule d'ARN encapsulée, ce n'est en rien un panel de chromosomes comme une cellule humaine, qui a une machinerie très complexe pour gérer la duplication des chromosomes par mitose ou par méiose

Le Sars Sov 2 est juste UNE molécule d'ARN contenant 11 gènes permettant de produire une trentaine de protéines (les protéines pouvant etre scindées en sous unités) . C'est tout à fait scientifique de classer les virions en fonction de la suite de nucléotides et des mutations observées. Dans ces mutations il y en a qui ont un effet net sur la contagiosité ou la virulence, bien repérées. Effectivement il peut y avoir d'autres mutations qui n'ont pas d'effet et on pourra rassembler un ensemble de génomes un peu différent sous une appellation de "variant" qui comporte quelques centaines de possibilités mais c'est bien mieux défini que "blanc ou noir" qui elle n'a aucune réalité (pas plus que "métis", on est tous des métis).
Et si la contagiosité varie nettement à cause d'UNE mutation particulière de la protéine S, c'est tout à fait observable et ça correspond à une réalité du point de vue des courbes épidémiologiques.

[LeLama]

Le lama, sans être méchant, tu devrais te renseigner sur la biologie et les virus avant d'écrire n'importe quoi. Un virus c'est JUSTE une molécule d'ARN encapsulée, ce n'est en rien un panel de chromosomes comme une cellule humaine, qui a une machinerie très complexe pour gérer la duplication des chromosomes par mitose ou par méiose

Je crois que tu m'as mal lu. J'attends ta definition objective de variant.