Le Coronavirus Covid19

[LeLama]

Je n'ai pas fait le calcul des vp de la matrice mais c'est physiquement évident ...

Je vois pas. Avec R=1, le nombre de contaminés peut varier dans des extremes. Tu peux changer toute la population chaque jour ou 1/3 de la pop chaque jour sur 3 jours, avec toujours des tests de positivité sur 24 jours puisque contagion et positivité ne coincident pas. En general, je ne vois rien de physiquement evident. R=1 dit juste que le nombre de malades est constant, il ne dit rien sur la vitesse de renouvellement de ta population de malade. La proportion que tu changes chaque jour depend de la matrice de contagion que tu ne choisis pas. Je pense que tu as dans la tete le cas d'une contamination homogene sur 24 jours, mais ce cas ne correspond pas a la realité, la contagion est bien plus resserree temporellement.

[LeLama]

Ben c'est pareil en fait, parce que sauf erreur de ma part, le R est estime par SPF par une methode tres simple: on regarde le nombre de cas (reanimation/morts/etc.) la semaine S+1 et on divise par ceux de la semaine S.

Je ne savais pas que c'etait ca leur def du R, c'est pas du tout le R officiel des publis scientifiques qui est si j'ai bien compris le nombre de personnes qu'un malade contamine.

[GillesH38]

Ca parait absurde si tu penses que les gens declarés comme contacts ont vraiment plus de chance d'avoir le covid. Pour moi, ce n'est pas le cas. Je pense effectivement que les cas contacts ont a peine plus de chances que ceux tires dans l'annuaire.

c'est évidemment faux,[...] la population des cas contacts a une proportion de malades bien plus grande,

Cf ma reponse a Nemo. Il est absurde de prendre un ton aussi frontalement en opposition alors que tu n'as pas dit ce que tu entendais par proportion bien plus grande et avant que tu m'aies demandé l'erreur que j'admettais de mon côté.

excuse moi pour le ton, mais pour revenir au factuel, je pense que c'est plutot un facteur 10 de plus que 1,3 ... à moins que le virus soit devenu 10 fois moins létal qu'en mars, ce qui me parait peu plausible (et ne justifierait plus qu'on fasse tout ce tintouin) .

[GillesH38]

Je pourrais meme facilement envisager des biais dans le sens inverse. Les etudiants ne se font pas tester parce qu'ils ne se sentent pas en danger et qu'ils ne veulent pas changer de vie. Mais ils sont plus positifs que la moyenne. Donc une sous-ponderation d'une categorie surcontaminee, ce qui contribuerait a une sous-estimation du nb de cas. C'est un peu ce qui s'est passé pour mon fils. Un gamin positif dans sa classe de cm1. Je ne lui ai pas fait subir de test, c'etait pas obligatoire a son age d'apres le papier de l'ars qu'on a recu.

Le lama, il me semble que la plupart de tes arguments visent à argumenter que plein de positifs échappent au test, là je suis d'accord (il y en a probablement 10 fois plus de contaminés que de testés). Ca n'empêche aucunement que les positifs soient sur représentés parmi les testés, au contraire.

[marocain]

Difficile de dire que la courbe des nouveaux cas a une allure exponentielle, on peut aussi dire que c'est lineaire: moyenne mobile sur 7 jours 31 aout 5200, 11 septembre 7800, 22 septembre 10400, soit environ +240 cas par jour sur la periode. C'est d'ailleurs assez normal de ne pas vraiment distinguer entre exponentielle et croissance lineaire puisque le R effectif est juste superieur a 1. En plus, les chiffres des nouveaux cas sont pollues par les delais d'attente de tests.

en fait, je ne regarde pas la courbe des tests, mais la courbe des morts.
et j'y vois plusieurs phase correspondant chacune a une exponentielle (donc un coeff de réplication particulier)

[GillesH38]

Je n'ai pas fait le calcul des vp de la matrice mais c'est physiquement évident ...

Je vois pas. Avec R=1, le nombre de contaminés peut varier dans des extremes. Tu peux changer toute la population chaque jour ou 1/3 de la pop chaque jour sur 3 jours, avec toujours des tests de positivité sur 24 jours puisque contagion et positivité ne coincident pas.

il doit y avoir un quiproquo entre nous, parce que d'habitude j'arrive à suivre ta pensée meme si je ne suis pas toujours d'accord, mais là je suis perdu ... comment veux tu "changer la population chaque jour ou 1/3 sur 3 jours" si chacun reste positif pendant 24 jours ? tu ne peux la renouveler complètement qu'au bout de 24 jours non ?

et si la période de contagiosité est différente, de X jours, tu obtiens R=1 avec une probabilité de contagion de 1/X pendant X jours (ou plus généralement avec une fonction p(t) telle que ∫p(t)dt = 1). C'est indépendant de la durée de positivité effectivement.

En general, je ne vois rien de physiquement evident. R=1 dit juste que le nombre de malades est constant, il ne dit rien sur la vitesse de renouvellement de ta population de malade. La proportion que tu changes chaque jour depend de la matrice de contagion que tu ne choisis pas. Je pense que tu as dans la tete le cas d'une contamination homogene sur 24 jours, mais ce cas ne correspond pas a la realité, la contagion est bien plus resserree temporellement.

je te prenais juste un exemple où la durée de contagion = durée de positivité, mais je n'ai pas dit que c'était forcément le cas. Mais en fait ça ne change rien à la relation entre C (le nombre de contaminations journalières) et M (le nombre de malades testés +) : en effet si tu ne contamines que pendant X jours, effectivement le nombre de contamination moyen par jour est plus élevé dans les X premiers jours (= M/X au lieu de M/24 ), mais en revanche il n'y a qu'une fraction X/24 de la population de malade qui est contagieuse, donc on a toujours C = M/24 .

[nemo]

Je pourrais meme facilement envisager des biais dans le sens inverse. Les etudiants ne se font pas tester parce qu'ils ne se sentent pas en danger et qu'ils ne veulent pas changer de vie. Mais ils sont plus positifs que la moyenne. Donc une sous-ponderation d'une categorie surcontaminee, ce qui contribuerait a une sous-estimation du nb de cas. C'est un peu ce qui s'est passé pour mon fils. Un gamin positif dans sa classe de cm1. Je ne lui ai pas fait subir de test, c'etait pas obligatoire a son age d'apres le papier de l'ars qu'on a recu.

Le lama, il me semble que la plupart de tes arguments visent à argumenter que plein de positifs échappent au test, là je suis d'accord (il y en a probablement 10 fois plus de contaminés que de testés). Ca n'empêche aucunement que les positifs soient sur représentés parmi les testés, au contraire.

+1.
Je suis d'accord pour dire que 30% est à peine plus (même si ça me parait pas négligeable) et si 3000% parait un peu beaucoup et que 5 à 10x plus me parait raisonnable c'est difficile de mettre un seuil fiable au pifométre comme ça. Par contre ça me parait être des informations que les épidémiologues devraient être capable d'estimer facilement l'information fiable existe peut être quelque part. Bien sur on parle de moyenne.

[LeLama]

Je n'ai pas fait le calcul des vp de la matrice mais c'est physiquement évident ...

Je vois pas. Avec R=1, le nombre de contaminés peut varier dans des extremes. Tu peux changer toute la population chaque jour ou 1/3 de la pop chaque jour sur 3 jours, avec toujours des tests de positivité sur 24 jours puisque contagion et positivité ne coincident pas.

il doit y avoir un quiproquo entre nous, parce que d'habitude j'arrive à suivre ta pensée meme si je ne suis pas toujours d'accord, mais là je suis perdu ... comment veux tu "changer la population chaque jour ou 1/3 sur 3 jours" si chacun reste positif pendant 24 jours ? tu ne peux la renouveler complètement qu'au bout de 24 jours non ?

OK, j'ai compris le quiproquo. Tu emploies le mot malade dans le sens positif au test, et je croyais que tu l'employais dans le sens de portant la maladie et susceptible de la transmettre (=contagieux).

Donc, yes, ok avec ton argument et la conclusion: si la positivité des tests est representative de la population a un facteur 2 pres, ca veut dire que le cfr moyen est beaucoup plus petit que celui qu'on attend, pour quelque raisont que ce soit ( surreprésentation des jeunes dont le cfr est presque nul, cfr qui a beacoup baissé, mauvaises estimations de cfr par sous-estimation des cas, un peu de tout ça...)

[LeLama]

Le lama, il me semble que la plupart de tes arguments visent à argumenter que plein de positifs échappent au test, là je suis d'accord (il y en a probablement 10 fois plus de contaminés que de testés). Ca n'empêche aucunement que les positifs soient sur représentés parmi les testés, au contraire.

Oui, bien sur, et comme je l'ai dit la surrepresentationj me parait convaincainte. Mais mon argument est un peu plus que ca. Je dis qu'il y a des biais dans les deux sens. Notamment, le fait que les personnes qui ne se sentent pas en danger (pour de bonnes ou de mauvaises raisons) ne vont ni faire attention, ni se faire tester. Ca induit une sous-reprensation dans l'echantillon de ces personnes et tirer la positivité des tests vers le bas.

[GillesH38]

Le lama, il me semble que la plupart de tes arguments visent à argumenter que plein de positifs échappent au test, là je suis d'accord (il y en a probablement 10 fois plus de contaminés que de testés). Ca n'empêche aucunement que les positifs soient sur représentés parmi les testés, au contraire.

Oui, bien sur, et comme je l'ai dit la surrepresentationj me parait convaincainte. Mais mon argument est un peu plus que ca. Je dis qu'il y a des biais dans les deux sens. Notamment, le fait que les personnes qui ne se sentent pas en danger (pour de bonnes ou de mauvaises raisons) ne vont ni faire attention, ni se faire tester. Ca induit une sous-reprensation dans l'echantillon de ces personnes et tirer la positivité des tests vers le bas.

euh.. non je ne crois pas. Pour que ça induise une sous-représentation de la positivité, il faudrait que la tendance à ne pas se faire tester soit plus importante chez ceux qui sont réellement positifs que chez ceux qui ne le sont pas (genre "j'ai quelques symptômes mais j'ai très peur de ce que je pourrais apprendre donc je n'y vais pas, alors que si je n'avais aucun symptôme j'irai me faire tester"), mais ça me parait très improbable. Quel que soit le biais qui agi, il agit très probablement au moins autant chez ceux qui n'ont rien que chez ceux qui ont quelque chose - et donc soit il est neutre, soit il augmente le taux de positivité.

[LeLama]

Quel que soit le biais qui agi, il agit très probablement au moins autant chez ceux qui n'ont rien que chez ceux qui ont quelque chose - et donc soit il est neutre, soit il augmente le taux de positivité.

je peux juste te faire part d'une experience personnelle et qui me semble quand meme assez courante: je me suis deja fait tester pour le vih et je fais attention, je ne me ferai pas tester pour le covid sauf obligation et je fais moins attention....

[GillesH38]

Quel que soit le biais qui agi, il agit très probablement au moins autant chez ceux qui n'ont rien que chez ceux qui ont quelque chose - et donc soit il est neutre, soit il augmente le taux de positivité.

je peux juste te faire part d'une experience personnelle et qui me semble quand meme assez courante: je me suis deja fait tester pour le vih et je fais attention, je ne me ferai pas tester pour le covid sauf obligation et je fais moins attention....

j'ai bien compris, mais ça n'induit une baisse de positivité que si ton attitude est plus courante chez ceux qui sont contaminés que chez ceux qui ne le sont pas, et il n'y a aucune raison pour ça (le plus probable est d'ailleurs que tu ne sois pas contaminé, donc le fait que tu n'ailles pas te faire tester enlève une personne négative, pas positive). Si quelque chose te décidait à aller te faire tester, c'est probablement quelque chose qui augmenterait aussi ta probabilité d'être contaminé par rapport à la moyenne nationale.

[tita]

Le lama, il me semble que la plupart de tes arguments visent à argumenter que plein de positifs échappent au test, là je suis d'accord (il y en a probablement 10 fois plus de contaminés que de testés).

Qu'entends-tu par là? Si 10'000 personnes sont testées positives un jour, c'est qu'il y a 100'000 personnes contaminées en tout ou bien qu'il y a 100'000 nouveaux cas sur ce jour-là?

100'000 personnes contaminées en tout me semble peu (on a détecté 70'000 cas dans les 7 derniers jours), et 100'000 par jour me semble beaucoup (sur les 7 dernier jour, ça ferait dans les 700'000 cas).

[tita]

je peux juste te faire part d'une experience personnelle et qui me semble quand meme assez courante: je me suis deja fait tester pour le vih et je fais attention, je ne me ferai pas tester pour le covid sauf obligation et je fais moins attention....

Le VIH a un CFR de quasi 100% sans être traité. C'est un test sérologique qui est institué du fait de la dangerosité du virus si rien n'est fait.

Pour le Covid, est-ce que si tu développes des symptômes comme un fort état grippal ou une anosmie tu n'irais quand même pas te faire tester de ton propre chef?

[GillesH38]

Le lama, il me semble que la plupart de tes arguments visent à argumenter que plein de positifs échappent au test, là je suis d'accord (il y en a probablement 10 fois plus de contaminés que de testés).

Qu'entends-tu par là? Si 10'000 personnes sont testées positives un jour, c'est qu'il y a 100'000 personnes contaminées en tout ou bien qu'il y a 100'000 nouveaux cas sur ce jour-là?

100'000 personnes contaminées en tout me semble peu (on a détecté 70'000 cas dans les 7 derniers jours), et 100'000 par jour me semble beaucoup (sur les 7 dernier jour, ça ferait dans les 700'000 cas).

j'ai peut etre exagéré en disant 10 à la louche, mais autour de 5 fois plus me semble plausible, donc autour de 50 000 contaminations par jour.