Le Coronavirus Covid19

[Jeudi]

Le traçage digital n'est pourtant pas une option chez nous. Par contre, cibler les évènements super-propagateurs (non pas les interdire, mais les détecter et couper rapidement les chaînes de transmission qui en découlent), serait une option.

Comment proposes tu d’identifier les événements super propagateurs? Les Coréens y arrivent, mais n’est-ce pas grâce au traçage digital?

[energy_isere]

Covid-19: plus de 200.000 cas aux Etats-Unis en 24H, record absolu
AFP•11/11/2020

https://www.boursorama.com/actualite-ec ... ccc60bb02c

[parisse]

Le nombre de cas detecte hier (un peu plus de 20000) semble confirmer l'amelioration, on retrouve des valeurs de mi-octobre. On peut en deduire que le confinement pendant la fin des vacances d'automne est efficace, si on analyse les taux de positivite on passe d'un peu plus de 21 a un peu plus de 16, donc avec un R un peu superieur a 0.75. Mais c'est seulement en fin de semaine qu'on pourra juger de l'effet du confinement en mode rentree des classes.
Je pronostique que la conf de presse de Castex demain ne va pas annoncer grand chose, c'est plutot en debut de semaine prochaine qu'il pourrait y avoir des annonces dans un sens ou dans l'autre.

[tita]

En Chine, une personne infectée a été détecté dans la province de Anhui, alors qu'il n'y avait plus eu de cas reporté dans cette province depuis le 9 avril dernier (soit 7 mois).

http://www.xinhuanet.com/english/2020-1 ... 506623.htm

Depuis quelques jours, quelques personnes symptomatiques ont été détectées positives, dont 50 en 4 jours à Shanghai. Les tests positifs asymptomatiques ne sont pas comptés. Et une partie est dû à des contaminations communautaires.

Comme tous les arrivants sont placés en quarantaine, un nouveau narratif est apparu pour expliquer ces infections: Ce serait dû à l'importation de nourriture congelée.

Yet Chinese epidemiologists brushed off the possibility that China is at risk of a large-scale attack of the coronavirus, even as the winter approaches. "Unlike Europe and the US, the majority of the flare-ups in China were caused by a single person with a clear source, and most of the cases were linked to imported cold-chain goods, which makes it easier to cut the contagion chain," Wang Guangfa, a respiratory expert at Peking University First Hospital, told the Global Times.

https://www.globaltimes.cn/content/1206380.shtml

Hypothèse: Les nouvelles contaminations en Chine sont systématiquement associées à l'importation, et non la diffusion du virus à l'intérieur. Ce qui n'est peut-être pas très différent à notre vision en février, où on était focalisé sur les voyageurs venant de Chine ou d'Asie, alors que le virus se propageait de façon invisible. La vie en Chine est vraiment "normale" pour la population, pour eux le virus a été vaincu. Le risque de voir l'épidémie reprendre existe.

Mais la Chine surveille probablement très fortement les personnes qui tombent malades, et n'hésite pas à mettre en quarantaine des quartiers et réaliser des tests à grande échelle. La vie est normale depuis 2-3 mois, et une large propagation aurait probablement déjà été visible.

[alain2908]

Et voilà qu'on est pollué par la Suisse
https://www.cnews.fr/france/2020-11-11/ ... -en-savoie

[GillesH38]

ou ce sont les étudiants à l'Université de Grenoble qui sont restés confinés chez eux :(

[alain2908]

le 27 octobre, l'IHME prévoyait 211 000 contaminations quotidienne à cette date et 273 000 pour la fin du mois de novembre.
let's see.

[Jeudi]

https://www.boursorama.com/actualite-ec ... 0f5d34188e

Échelle qui passe de x10 puis x2 puis x quelque chose arbitrairement entre 1,3 et 1,8; échelle du haut qui est linéaire sauf pour la dernière valeur, choix de couleur... quelle carte étrange.

[tita]

Les hospitalisations en cours pour 100k habitants, c'est une statistique intéressante. Lors de la première vague, on avait atteint 150 à Paris et 145 dans le Haut-Rhin. Là, on a atteint un maximum de 124 dans la Loire et dans les Hautes-Alpes. Dans ce département, ça ne fait pas beaucoup d'hospitalisations en chiffres bruts, mais la capacité hospitalière de la région est aussi proportionnelle à sa population. Lors de la première vague, les hospitalisations étaient concentrées sur l'Île-de-France et le Grand Est.

Alors qu'on a pratiquement le même nombre d'hospitalisations sur la France entière qu'au pic de la première vague, aucune structure n'est dans la situation des hôpitaux de Paris ou du Haut-Rhin en avril. Les réanimations sont aussi plus faibles (4'736 actuellement contre 7'000 au pic en avril). Bref, c'est plus étalé.

Les nouvelles infections avaient très vite diminué en Irlande après l'annonce du confinement de 6 semaines (21 octobre). Et sur la base des hospitalisations, je continue à penser que la France est en train de faire pareil, mais qu'il faut absolument éviter un rebond.

[parisse]

Les nouvelles infections avaient très vite diminué en Irlande après l'annonce du confinement de 6 semaines (21 octobre). Et sur la base des hospitalisations, je continue à penser que la France est en train de faire pareil, mais qu'il faut absolument éviter un rebond.

Je ne sais pas comment le confinement est en Irlande, ce soir le taux de positivite publie pour le 8 novembre en France est a nouveau en hausse a 18.2% contre 16.5% la veille, evidemment c'est sur un echantillon bien plus faible qu'un jour de semaine, ce n'est peut-etre pas significatif, mais ca peut aussi etre un signe d'un debut d'effet de la rentree scolaire du 2 novembre, le risque de rebond existe donc bien. Le nombre de nouveaux cas a 14h aujourd'hui est a 36k, a -10% par rapport a la semaine derniere. On en saura plus d'ici la fin de la semaine.
En tout cas, le risque n'est pas ecarte qu'on se retrouve dans la meme situation en Rhone-Alpes que dans le Grand-Est ou Paris ce printemps. L'incidence a Grenoble est toujours a 900 (a peu pres stable), et en Savoie c'est pas loin de 1200, avec des problemes a Chambery (JT de France 2 ce soir).

[Artutu]

J'espère qu'ils pourront laisser les écoles ouvertes ...

[alain2908]

une analyse interessante relayée par le NYT
entre le 15 mars et le 5 septembre, la surmortalité estimée aux US a été de 266 000 décès.

https://www.nytimes.com/interactive/202 ... ll-us.html

Ce qui est "rassurant", c'est le fait que les Etats dans lesquels l'épidémie explose aujourd'hui sont ceux qui avaient été épargnés lors de la première vague. (ex le wisconsin https://www.nytimes.com/interactive/202 ... cases.html )

[tita]

Ce qui est "rassurant", c'est le fait que les Etats dans lesquels l'épidémie explose aujourd'hui sont ceux qui avaient été épargnés lors de la première vague. (ex le wisconsin https://www.nytimes.com/interactive/202 ... cases.html )

Oui, les trajectoires de New-York et du Wisconsin sont différentes. Mais New-York a aussi été fortement touché, et a pris les mesures les plus strictes. Encore actuellement, d'après des echos d'habitants et des vidéos de type street walk récentes, la vie est au ralenti.

Néanmoins, on voit une hausse du nombre de nouveaux cas positifs dans le New Jersey et à New York. Dans les 17 derniers jours, il a doublé dans ces deux Etats (moyenne sur 7 jours). Les deux prochaines semaines seront critiques, si ça continue dans cette direction le New Jersey aurait une situation similaire à la Suisse. Je pense même que ça prendra moins de deux semaines en fait... Il y a cette notion de seuil épidémique où ça accélère très vite.

J'ai toujours cette hypothèse que les évènements super-propagateurs, où un individu peut contaminer beaucoup de monde, sont liés à ces accélérations.

[GillesH38]

une analyse interessante relayée par le NYT
entre le 15 mars et le 5 septembre, la surmortalité estimée aux US a été de 266 000 décès.

https://www.nytimes.com/interactive/202 ... ll-us.html

Ce qui est "rassurant", c'est le fait que les Etats dans lesquels l'épidémie explose aujourd'hui sont ceux qui avaient été épargnés lors de la première vague. (ex le wisconsin https://www.nytimes.com/interactive/202 ... cases.html )

On peut remarquer en France que l'Est et l'Ile de France ne sont pas les plus touchées, contrairement à Rhone Alpes qui l'avait été peu en 1ere vague .

Il est possible que les populations plus fragiles et/ou avec des comportements plus contaminants aient été "nettoyées" par la première vague.

Reste le sud-ouest pour la 3e vague

[tita]

Comment proposes tu d’identifier les événements super propagateurs? Les Coréens y arrivent, mais n’est-ce pas grâce au traçage digital?

Déjà il faut bien les comprendre. Dans quel cadre ça se produit? C'est quand tu as des groupes importants de personnes dans des espaces réduits, sur une longue durée. Les évènements (mariage, anniversaire, concerts, etc.), les lieux de loisirs (restaurants, bars, cinémas), les lieux de travail où beaucoup de gens sont en contact, les lieux de réunion religieux.

Dans l'expérience directe que j'ai eue par rapport au traçage, ça se passait de la manière suivante:
- On a des listes des personnes présentes pendant nos évènements.
- Lors de deux de ces évènements sur un week-end (vendredi-samedi), on a eu une personne présente qui a développé des symptômes le dimanche. Il s'est fait tester le lundi, et a reçu le résultat mercredi.
- La procédure de traçage en place, c'était de placer en quarantaine les personnes qui avait été en contact plus de 15 minutes à moins de 2m sans masque avec la personne infectée. C'est un travail de fourmi qui était impossible à réaliser.
- Au final, le public présent n'a pas été contacté. Et même si ça avait été le cas, la plupart n'auraient pas su s'ils avaient été en contact proche de la personne infectée.

C'est ce qu'on appelle le forward-tracing. On cherche à éviter les futures infections en regardant une par une les personnes qui ont potentiellement été infectées, et qu'on isole si on juge le risque important (ces fameuses 15 minutes à moins de 2m sans masque).

Constats:
- Lorsqu'on a eu connaissance de la personne positive, il s'était déjà écoulé 5 jours depuis une possible infection.
- Il n'y a pas eu de propagation. Les personnes qui avaient été en contact direct et sans masque pendant l'évènement n'ont pas été infectées, tests négatif. Mais on ne pouvait pas le savoir avant que d'autres personnes se soient fait tester.
- Tout le travail de recherche de contact et de mise en quarantaine sur ces deux évènements aurait été simplement inutile.
- Tout le le monde n'est pas contagieux de la même manière. Ses colocataires n'ont pas été infectés. On sait que des couples vivant sous le même toi ne s'infectent pas forcément.

Dans un autre évènement, la semaine d'après, une situation de super-propagation a eu lieu. Je n'étais pas directement impliqué, mais je sais que des artistes ont été infectés (détectés positifs à leur arrivée à Berlin), et qu'au moins 20 personnes ont été infectées, principalement dans le staff. J'ai de nouveau été en contact avec une personne positive après-coup, et à nouveau pas de symptôme.

Le backward tracing, sans moyens de surveillance électronique, c'est la logique suivante:
- Toutes les situations que j'ai décrites tiennent des listes de présence de personnes, conservées pendant 2-3 semaines par les établissements.
- Lorsqu'une personne est détectée positive, on récupère toutes les listes des situations où il était présent dans les 14 derniers jours.
- De même, tous les cas positif des 2-3 dernières semaines sont dans une liste commune.
- On fait une corrélation entre les cas positifs connus et ces listes pour détecter les évènements super-propagateurs.
- Dans ces évènements, toutes les personnes sur la liste sont contactées pour se mettre en quarantaine et se faire tester.

Dans le même temps, il faut un minimum de forward-tracing:
- Dans le premier évènement que j'ai décrit plus haut, le résultat du test du lundi doit être plus rapide (idéalement le jour même)
- Directement, on teste quelques personnes qui ont été en contact proche
- S'il y a plusieurs cas, mise en quarantaine et test pour tous. Sinon, c'est feu vert pour tout le monde.
- Ce forward-tracing peut être fait par l'établissement.

T'as pas besoin de surveiller les faits et gestes de chacun (position gps, transactions de carte bancaire, etc.) pour faire ça, ni de centraliser les données de la population sur les lieux qu'ils fréquentent. L'autre avantage, c'est de mieux cibler les tests et de faire moins de tests inutiles. On sait qu'il y aura un pourcentage élevé de cas positifs dans ces évènements super-propagateurs. On arrive mieux à suivre le parcours de l'épidémie et à anticiper où de nouveaux cas pourraient apparaître, même si la propagation est à un faible niveau. Le but c'est de traquer l'épidémie, pas de traquer la population.