Le Coronavirus Covid19

[kercoz]

Refusez le mois sans alcool :
https://www.vitisphere.com/actualite-93 ... id-19-.htm

D’après des chercheurs américains, les flavanols et proanthocyanidines du raisin et du vin empêchent le virus du SRAS-CoV-2 de se fixer sur les cellules humaines. Ces polyphénols également présents dans le thé vert et le cacao pourraient ainsi aider à lutter contre la pandémie.

[Remundo]

Raoult revient sur ses analyses génétiques et le fameux variant 4 à partir de la minute 21 dans cette vidéo
https://www.youtube.com/watch?v=U7CmzEW8k3M

[Noelia]

Refusez le mois sans alcool :
https://www.vitisphere.com/actualite-93 ... id-19-.htm

D’après des chercheurs américains, les flavanols et proanthocyanidines du raisin et du vin empêchent le virus du SRAS-CoV-2 de se fixer sur les cellules humaines. Ces polyphénols également présents dans le thé vert et le cacao pourraient ainsi aider à lutter contre la pandémie.

Tu vires au complotisme

[kercoz]

Tu vires au complotisme

Pas du tout, je soutiens les vignerons français et la recherche américaine.

[Noelia]

Tu vires au complotisme

Pas du tout, je soutiens les vignerons français et la recherche américaine.

Je blaguais

[alain2908]

il est référencé comment dans la littérature scientifique alors ce variant ? (par exemple le variant britannique est appelé B.1.1.7. )

A voir, ça doit être le B.1.160. C'est une lignée bien présente lors de la seconde vague, mais son apparition date de mars.

C'est une Raoulterie... Faut pas chercher plus loin. Les champions niveau séquençage, c'est les anglais (largement au-dessus de tout le monde), suivi des USA et du Danemark (qui proportionnellement sont à la pointe).

https://cov-lineages.org/lineages/lineage_B.1.html

je partage la conclusion de Tita et je l'appelerais plus globalement variant GH mais je trouve que c'est très illustratif du discours des raoult maniaques : répéter la parole du patron sans vraiment savoir ce qu'il y a derrière et sans recul pour savoir si c'est pertinent pour comprendre le phénomène et agir en conséquence.
A quoi ca sert de savoir que c'est le "Variant 4" qui circule en France depuis octobre ?
qu'est ce que ça a produit comme aide à la décision ?

[tita]

Dans les histoires de séquençage du génome, la France... ne brille pas tellement.

Le Royaume-Uni a pu voir émerger un nouveau variant du virus sur son territoire grâce à une politique de séquençage massive et ouverte. La France, elle, séquence peu et ne partage pas ses données.

La plateforme de séquençage génomique de l’hôpital Henri-Mondor à Créteil va faire tourner ses machines pour analyser des centaines d’échantillons de patients du Covid-19 afin de savoir si le fameux variant du Sars-CoV-2, responsable de la flambée de cas dans le sud-est de l’Angleterre, est déjà arrivé en France.

Une réaction bienvenue, mais tardive. En effet, séquencer et partager le génome d’un maximum de virus permet de suivre l’épidémie et de retracer le chemin de certaines souches.

Malheureusement, la France ne joue pas le jeu. Les chercheurs du monde entier publient les séquences qu’ils trouvent sur une plateforme en libre accès appelée Gisaid. A l’heure où nous écrivons ces lignes, la France pointe à la 51e place en nombre de séquences publiées rapporté au nombre de cas dans le pays. Elle publie moins d’une séquence pour 1 000 cas déclarés de Covid-19 contre 469 pour l’Australie, 55 pour le Royaume-Uni ou encore 5,6 pour le Sénégal.

Ces séquences doivent être déposées avec quelques informations sur l’âge du patient, sa localisation et la date du prélèvement. On comprend vite que plus une séquence est déposée rapidement, plus les scientifiques peuvent avoir accès à des données en temps réel et réagir, si, comme c’est le cas au Royaume-Uni, une variante inquiétante émergeait. Là encore, la France est nulle. Quand il se passe en moyenne 26 jours entre le recueil de l’échantillon et la publication du génome outre-Manche, il se passe 128 jours en France…

A partir de ce constat, se pose une question. Est-ce que la France séquence peu ou bien est-ce que les scientifiques nationaux ne jouent pas le jeu de la transparence et de l’aide internationale ? «C’est un peu les deux», peste le généticien Philippe Froguel.

https://www.liberation.fr/sciences/2020 ... is_1809477

Le Royaume-Uni a réalisé quasiment 150'000 séquençages tandis que la France en a fait dans les 2'500. L'article donne une image de cancre, mais en nombre brut de séquençages réalisés, la France pointe 10ème et l'Allemagne est derrière.

En observant un peu les différentes lignées sur ce site, on constate qu'il y a bien 2 lignées (B.1.177 et B.1.160) qui ont été majoritaires en Europe. C'est surtout en Angleterre que ces lignées sont détectées (parce qu'ils font plus de séquençage), avec une prépondérance pour le premier, tandis que le second semble plus présent sur le continent. Mais elles n'ont jamais inquiété plus que ça, parce qu'elles n'avaient pas de différence majeur avec les lignées du printemps. Oui, il y a eu quelques mutations entretemps, mais ça n'a pas affecté les caractéristiques. Et il y avait d'autres branches qui sont restées présentes.

https://cov-lineages.org/lineages/lineage_B.1.html

Pourquoi parle-t-on autant du B.1.1.7? Ben, son apparition est récente, en septembre, et elle est en train de supplanter toutes les autres lignées en Angleterre. Autrement dit, elle montre clairement un avantage sélectif. Une mutation dans la spicule (N501Y) laisse penser que c'est la cause. Et, avec le temps, elle devrait s'imposer partout. C'est comme une branche dans un arbre généalogique qui se développe et prend toute la place, ce qui fait que toutes les autres branches précédentes sont stoppées.

Une autre lignée possède aussi cette mutation (N501Y), mais est apparue en Afrique du Sud, la B.1.351. Là aussi, elle a supplanté les autres lignées. Donc il y a aussi cette branche-là, mais elle est moins diffusée que la variante anglaise.

Une branche avait fait beaucoup parler d'elle en novembre, la B.1.258, mais pas dans les médias mainstream. Là aussi, une mutation de la spicule (N439K) inquiétait (enfin, inquiète toujours) sa diffusion. Elle fait partie des variantes de la deuxième vague, sans être dominante.

Toutes les mutations qui affectent la spicule inquiètent un peu parce qu'elles pourraient compromettre l'efficacité des vaccins, qui ciblent justement cette protéine spike. Mais c'est de l'hypothèse, et personne ne peut affirmer quoi que ce soit. Les vaccins mARN ont un avantage ici, parce qu'ils peuvent rapidement (2 mois) s'adapter à une nouvelle variante.

Il faut malheureusement attendre pour voir comment tout ça évolue.

[Remundo]

oui la fameuse "spike protein" ou protéine d'accroche, ou spicule ou encore Péplomère, est le premier visage du virus quand il se confronte aux cellules qu'il souhaite infecter pour se reproduire.

Il semble bien que la variabilité de cette protéine jouent des tours de bourriques sévères au système immunitaire qui ne reconnaît plus le nouveau mutant même si déjà infecté par un autre précédent. Cette variabilité change également l'efficacité virale du virus, à la hausse ou à la baisse (contagiosité + impact sur le métabolisme une fois infecté)

Idem pour les vaccins, ça risque de ne pas être très robuste ni pérenne. Mais ça n'est pas nouveau, les vaccins contre la "grippe" ont toujours un train de retard... voilà bien pourquoi il ne faut pas négliger la recherche sur les TRAITEMENTS dont l'action a un spectre plus large que les vaccins qui ont le défaut d'être trop "spécialisés" sur une version d'un virus.

[tita]

oui la fameuse "spike protein" ou protéine d'accroche, ou spicule ou encore Péplomère, est le premier visage du virus quand il se confronte aux cellules qu'il souhaite infecter pour se reproduire.

Il semble bien que la variabilité de cette protéine jouent des tours de bourriques sévères au système immunitaire qui ne reconnaît plus le nouveau mutant même si déjà infecté par un autre précédent. Cette variabilité change également l'efficacité virale du virus, à la hausse ou à la baisse (contagiosité + impact sur le métabolisme une fois infecté)

Idem pour les vaccins, ça risque de ne pas être très robuste ni pérenne. Mais ça n'est pas nouveau, les vaccins contre la "grippe" ont toujours un train de retard... voilà bien pourquoi il ne faut pas négliger la recherche sur les TRAITEMENTS dont l'action a un spectre plus large que les vaccins qui ont le défaut d'être trop "spécialisés" sur une version d'un virus.

Du coup, je me suis demandé si une mutation spéciale de la spicule apparaissait dans le variant 4 (Marseille 4 dans le papier). Alors y'a bien une modif appelée S477N, mais elle est apparue très tôt (avril-mai), plus ou moins en même temps que la N439K que j'évoquais. Et c'est un mutation très répandue en fait, la seconde après D614G qui était apparue très tôt et est présente dans toutes les branches.

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7375973/

On n'a pas de preuve que l'immunité est compromise par ces modifications. D'ailleurs, dans la dernière vidéo de Raoult, il dit un truc intéressant (à 1m50):

les mesures qui avaient été mises en places par le CDC, pour la grippe... Mais c'est pas du tout la grippe, c'est une autre maladie

Tu ne peux pas appliquer bêtement ce qu'on connaît de la grippe sur la covid. Le fond, c'est qu'on n'en sait rien et qu'il faut observer. Le mode de transmission est similaire (voies respiratoires), d'où des mesures similaires qui se sont imposées pour ralentir la propagation. Mais c'est de loin pas parfaitement identique, parce que la covid a une transmission plus élevée.

Il y a bien des réinfections, mais pour le moment ça ne semble pas être la norme. Du coup, faire des prédictions sur l'efficacité des vaccins à long terme est encore prématuré. Dans le même temps, diminuer la propagation réduit les chances d'avoir des mutations.

Bref, c'est compliqué.

[LeLama]

Dans le même temps, diminuer la propagation réduit les chances d'avoir des mutations.

J'aurais plutot dit le contraire:
- mathematiquement, la variabilité est plus grande sur les populations plus petites, par des calculs de proba sur les diffusions ( c'est un peu l'analogue du fait que tu peux plus facilement convaincre qq dizaines de personnes sur oleocene que tous les habitants de ta ville, les diffusions gagnent plus facilement sur un ensemble petit).
- tu augmentes la pression de selection, stimulant la reponse adaptative du virus
- il y a une niche ecologique d'hotes libres favorisant les "mutants" : c'est ce qu'on constate dans les hopitaux et dans les elevages, quand il y a des niches ecologiques artificielles par un controle de la population virale et bacterienne, c'est la qu'apparaissent le plus les mutants resistants.

[alain2908]

ca chauffe aussi en Europe centrale https://www.lejdd.fr/International/roya ... le-4016465



PS : j'ai pas la comparaison avec la France.

[kercoz]

Je blaguais

Me Too

[Remundo]

Du coup, je me suis demandé si une mutation spéciale de la spicule apparaissait dans le variant 4 (Marseille 4 dans le papier).

Alors y'a bien une modif appelée S477N, mais elle est apparue très tôt (avril-mai), plus ou moins en même temps que la N439K que j'évoquais. Et c'est un mutation très répandue en fait, la seconde après D614G qui était apparue très tôt et est présente dans toutes les branches.

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7375973/

On n'a pas de preuve que l'immunité est compromise par ces modifications.

Si si, Raoult parle d'une trentaine de malades qui ont rechuté et recensés dans ses services.

Mais il n'y a pas que les mutations sur la spicule qui jouent, c'est un paramètre parmi d'autres, et malheureusement, on ne sait qu'a posteriori les effets. On a toujours un train de retard sur des virus aussi mutagènes.

Tu ne peux pas appliquer bêtement ce qu'on connaît de la grippe sur la covid. Le fond, c'est qu'on n'en sait rien et qu'il faut observer.

Exactement, par contre les virus grippaux mutent bien plus que des virus plus stables, ceux des vaccins de la petite enfance, et d'ailleurs, je le répète, les vaccins sur les virus grippaux ont une efficacité plutôt médiocre, voire nulle avec le temps, pour 2 raisons : l'immunité face à ces virus semblent perdre un peu la mémoire, et d'autre part, les virus changent notablement. De ce que l'on observe du COVID19, ces 2 traits sont bien présents, même plus présents que sur les grippes classiques.

Il y a bien des réinfections, mais pour le moment ça ne semble pas être la norme. Du coup, faire des prédictions sur l'efficacité des vaccins à long terme est encore prématuré. Dans le même temps, diminuer la propagation réduit les chances d'avoir des mutations.

Mais croire que les vaccins vont être efficaces est à mi-chemin entre utopie et bêtise, disons que c'est une arme dans l'arsenal anti-covid dont on espère quelque chose qui relève un peu du miracle, et qui in fine pourrait même générer des problèmes plus qu'en résoudre.

Il est évident que la focalisation vaccinale est plutôt une impasse, il faut "un peu" essayer les vaccins, et SURTOUT traiter. Les mesures barrières ont effectivement un petit effet retardateur/baisse du nb de cas.

Bref, c'est compliqué.

Surtout quand on est corrompu et politicard (je ne parle pas de toi).

[GillesH38]

Il est claire que la focalisation vaccinale est plutôt une impasse, il faut "un peu" essayer les vaccins, et SURTOUT traiter.

comme si personne ne pensait à le faire ....

[GillesH38]

sinon ça commence à être compliqué pour certains complotistes

https://twitter.com/tristanmf/status/13 ... 06/photo/1