Le Coronavirus Covid19

[LeLama]

La raison pour laquelle on a des "vagues", c'est parce qu'il y a des paramètres qui vont faire influencer le taux de reproduction. Et c'est très clairement imprédictible (comportement de la population, restrictions, efficacité des gestes barrières, etc.).

Yes. Et ajoutons que le virus est doué d'homéostasie, c'est de la biologie, pas de la mecanique. Les modeles vont évoluer en fonction des contre-reactions du virus qui nous sont inconnues.

je crois que tu ferais rire beaucoup de lecteurs, et pas seulement jeudi

Les contre réactions ne sont pas celles du virus, mais celle de son hôte - et bien sûr elles ont une grande importance dans la propagation. Il y a fort à parier que si tu as un mort dans ta famille, tu ne vas plus te conduire de la même façon dans tes relations sociales.

Les contre reactions sont des 2 cotés. L'homeostasie, c'est une des (innombrables) definitions du vivant. Je ne vois pas bien ce que ca a de drole.

[GillesH38]

Les contre reactions sont des 2 cotés. L'homeostasie, c'est une des (innombrables) definitions du vivant. Je ne vois pas bien ce que ca a de drole.

enfin quand tu sais ce qu'est un virus au départ, la contre réaction est quand meme difficile à concevoir : un organisme évolué peut avoir par exemple une structure neuronale différente (donc changer son comportement), mais quelle différence peux tu avoir entre deux particules virales de même ARN ?

[LeLama]

enfin quand tu sais ce qu'est un virus au départ, la contre réaction est quand meme difficile à concevoir : un organisme évolué peut avoir par exemple une structure neuronale différente (donc changer son comportement), mais quelle différence peux tu avoir entre deux particules virales de même ARN ?

Ce n'est pas le meme arn, y'a pas 2 virus identiques, de meme que y'a pas 2 humains identiques. Y'a pas non plus besoin d'activité neuronale pour avoir une reponse adaptative. Tu vas faire du sport, ton corps va changer.

[GillesH38]

LeLama, peux-tu donner des sorties de modèles qui appuient ce que tu dis ?
Je ne dis pas que tu as tort, mais Gilles donne des arguments, et toi tu te contentes de dire "les modèles disent le contraire", s

Salut Glyco,
tu vois si tu interviens a t=0, y'a pas d'infectés, et donc une intervention ne sert a rien. Tu fais juste un decalage dans le temps de la meme vague, tandis que si tu interviens plus tard, tu casses la dynamique et y'a moins de morts au final au bout de la vague a l'infini.

Tu as raison que je pourrais argumenter davantage, mais avec Gilles ca tourne toujours pendant des heures. Alors je suis découragé d'avance.

Personne ne t'oblige à contester ce que je dis, mais si tu me contestes, je te réponds, ne viens pas te plaindre après.

si tu pars de zéro, tout reste à zéro, donc y a pas de différence. Je n'ai pas considéré le fait qu'il y ait des cas importés bien sur.

Dans mon exemple, c'est particulièrement facile à comprendre quand R1 <1 (ce qui est le cas en cas de confinement) et R2 > 1 (entre les confinements).

Si tu commences par un nombre No, et que tu applique d'abord R1, puis R2, le nombre commence à décroitre, puis il recommence à croitre. En faisant d'abord R2 puis ensuite R1, c'est l'inverse, il croit , puis il décroit (à la fin le nombre de contaminations journalière est le même) .
Il est facile de voir quand dans le premier cas, le nombre de cas total de la phase descendante est inférieur au second cas puisqu'il part de No et dans l'autre d'une valeur supérieure à No. Et le nombre de cas de la phase croissante est aussi inférieur car il part d'une valeur inférieure à No au lieu de partir de No. C'est aussi simple à constater graphiquement qu'une exponentielle décroissante suivie d'une exponentielle croissante a une intégrale plus faible que si elle commence par croitre puis à décroitre.

Donc : tu diminues l'intégrale en intervertissant les périodes de façons que R1 < R2, donc de proche en proche, l'intégrale minimale est obtenue en rangeant les périodes par R croissant.

[GillesH38]

enfin quand tu sais ce qu'est un virus au départ, la contre réaction est quand meme difficile à concevoir : un organisme évolué peut avoir par exemple une structure neuronale différente (donc changer son comportement), mais quelle différence peux tu avoir entre deux particules virales de même ARN ?

Ce n'est pas le meme arn, y'a pas 2 virus identiques, de meme que y'a pas 2 humains identiques. Y'a pas non plus besoin d'activité neuronale pour avoir une reponse adaptative. Tu vas faire du sport, ton corps va changer.

j'ai pas dit qu'il y avait besoin de réponses neuronales j'ai juste donné un exemple.
Evidemment qu'il est facile de comprendre qu'un organisme pluricellulaire puisse évoluer, il suffit de changer la proportion de chaque type de cellules (y compris musculaires). Mais un virus ce n'est pas une combinaison de cellule, c'est juste un ARN avec une enveloppe qui ne dépend que de l'ARN- évidemment que si, la plupart des virions produit dans un corps sont identiques, le nombre de base est bien plus faible et la possibilité de mutations viables est bien plus faible - outre le fait que la diversité de l'humanité est aussi due à la recombinaison d'un pool de chromosomes par la recombinaison sexuée, évidemment ça n'existe pas chez les virus.

Après bien sur l'apparition de nouveaux variants va changer la contagiosité donc va donner des avantages évolutifs à certaines souches, ça personne ne le nie.

[Jeudi]

le virus est doué d'homéostasie

C’est tellement vrai, tu devrais te le mettre en signature.

Jeudi, je t'ai deja dit d'arreter de rever de moi matin, midi et soir. J'ai trop d'importance dans ta vie. T'as pas de copains pour venir discuter avec les mecs que t'aimes pas ?

Je te signale aimablement que cette citation t’identifie immédiatement comme un clown. Tu corriges ou tu ne corriges pas, c’est toi qui voit.

Ps: j’avais raté l’inexistence de deux virus identiques et le sport sans activité neuronale. Tu es en forme!
...à la réflexion ne corrige rien, c’est parfait comme ça.

[LeLama]

donc pourquoi c'est "trivialement faux" ?

Parce que tu prends le resultat au temps t=T1+T2 alors qu'il faut regarder le nombre de morts a l'infini apres avoir relaché totalement ton systeme.

C'est un peu comme freiner en vélo. Ca sert a rien de freiner en haut de la cote quand t'as pas de vitesse. Mais il ne faut pas freiner trop tard non plus. Tu me dis que c'est mieux de freiner 10 secondes comme un malade au debut quand y'a pas de vitesse, et de laisser filer ensuite 10 secondes, plutot que de laisser filer 10 secondes, et de freiner ensuite quand tu es lancé. Si tu fais la mesure au bout de 20 secondes, c'est vrai. Mais si tu fais la mesure en bas de la pente, tu obtiens un resultat inverse. En freinant au debut, tu as décalé dans le temps la descente, mais tu n'as pas réglé les problemes.


Repense au cas t=0 ( ou plutot t petit, puisque t=0 ne te plait pas). Ton confinement initial ne sert a rien, tu es sur un point (quasiment) stable de ton equadiff (comme le cycliste sans vitesse en haut de la cote). Mais quand tu finis par relacher les mesures barrieres ( parce qu'il faudra bien un jour que tu relaches completement toutes les contraintes), alors tu te retrouves dans une situation mauvaise.

[GillesH38]

donc pourquoi c'est "trivialement faux" ?

Parce que tu prends le resultat au temps t et qu'il faut regarder le nombre de morts a l'infini apres avoir relaché totalement ton systeme.

comme j'ai dit le raisonnement n'est valable que si on attend une phase de vaccination qui va essentiellement immuniser l'essentiel ou en tout cas une partie importante de la population, donc il n'y a pas à intégrer jusqu'à l'infini. On intègre jusqu'au temps où la vaccination prend le relais, et là, l'intégrale peut etre fortement différente d'un pays à l'autre (suffit de comparer la Suède et la Norvège ...)

Sans vaccins je suis d'accord qu'à la fin ça ne changerait pas grand chose.

C'est un peu comme freiner en vélo. Ca sert a rien de freiner en haut de la cote quand t'as pas de vitesse. Mais il ne faut pas freiner trop tard non plus. Tu me dis que c'est mieux de freiner 10 secondes comme un malade au debut quand y'a pas de vitesse, et de laisser filer ensuite 10 secondes, plutot que de laisser filer 10 secondes, et de freiner ensuite quand tu es lancé. Si tu fais la mesure au bout de 20 secondes, c'est vrai. Mais si tu fais la mesure en bas de la pente, tu obtiens un resultat inverse. En freinant au debut, tu as décalé dans le temps la descente, mais tu n'as pas réglé les problemes.

non ce n'est pas pareil parce que dans le problème du vélo il n'y a pas de croissance exponentielle multiplicative. Ca donne des comportements essentiellement différents.

Repense au cas t=0 ( ou plutot t petit, puisque t=0 ne te plait pas). Ton confinement initial ne sert a rien, tu es sur un point (quasiment) stable de ton equadiff (comme le cycliste sans vitesse en haut de la cote). Mais quand tu finis par relacher les mesures barrieres ( parce qu'il faudra bien un jour que tu relaches completement toutes les contraintes), alors tu te retrouves dans une situation mauvaise.

c'est pas t=0 le problème c'est N = 0 , tu supposes qu'il n'y a pas de malade au début !

et ce que tu dis est tout à fait faux encore une fois : d'une part une exponentielle n'a jamais de point (quasiment) stable, le taux de croissance théorique est la MEME quel que soit la valeur initiale (la pente en ln N = f(t) est la même) - il y a juste des fluctuations aléatoires autour de la valeur moyenne mais qui peuvent etre aléatoirement plus faibles ou plus grandes, suivant qu'on a des faibles contaminateurs ou des supercontaminateurs,. Partir d'un nombre petit ne change rien au problème . D'autre part c'est bien évidemment la stratégie recommandée au stade 2 de l'épidémie (le virus est entré sur le territoire mais pas encore disséminé) , et ce qu'ont fait les pays ayant circonscrit l'épidémie : frapper le plus fort possible dès les premiers cas constatés. Ca a marché en France pour le cluster de Haute Savoie, ou en Nouvelle Calédonie, mais pas en région parisienne où on a laissé le virus filer, et il s'est répandu parce qu'on n'a pas osé confiner justement.

Donc , conclusions exactement à l'inverse de ce que tu cherches à nous faire croire, pour etre efficace, il faut au contraire réagir le plus vite possible.

[tita]

Admettons qu'on a une super méthode qui permet de réduire le nombre de personnes infectées de 90% en deux semaines (quarantaine très stricte). Disons qu'on a un temps de doublement (sans mesures) de 14 jours. Et que tu as une situation de départ avec 1000 nouvelles personnes infectées par jour.

Méthode 1: tu décides que tu peux te permettre d'atteindre 40'000 infections par jour, et ensuite tu appliques la méthode pendant deux semaines pour revenir à 4'000 infections par jour, puis tu reprends la vie telle quelle pendant 1.5 mois (retour aux 40'000) et tu appliques à nouveau ta méthode. T'es dans un cycle de 6 semaines normale, 2 semaines quarantaine stricte.

Méthode 2: tu décides de directement appliquer 2 semaines de quarantaine stricte et tu passe de 1000 nouvelles infections par jour à 100. Puis tu reprend la vie normale pendant 6 semaines, tu remontes à 1000 infections par jour et tu appliques à nouveau 2 semaines de quarantaine.

Alors dans la méthode 1, tu restes plus longtemps ouvert initialement, mais ensuite tu es exactement dans le même cycle que l'autre méthode pour contenir la propagation. Le seul avantage, c'est que tu immunises une grande partie de la population, mais ça met sous pression les hôpitaux et tu as aussi plus de décès.

La méthode 2, ben tu restes toujours à un niveau qui est très peu problématique. Et ça reste aussi plus facile à planifier.

Bien sûr, ça suppose d'avoir une méthode qui est réellement efficace. Et idéalement avoir des mesures peu contraignantes entre les confinements qui allongent le temps de doublement. Ce qui est plus facile à faire avec peu de contaminations que lorsqu'il y en a beaucoup. Et enfin, un moyen au final de protéger la population, sinon tu continues ce cycle sur une très longue durée.

C'est très théorique je sais. Mais pour reprendre l'exemple du vélo dans une pente... Ben, en fait, il n'y a pas l'aspect d'exponentielle dans ton exemple. Faut t'imaginer que tu commences à 10km/h et que tu doubles ta vitesses toutes les 10 secondes. Donc après 20 secondes, t'es à 40 km/h, et après 30 secondes t'es à 80km/h... Et si tu te dis que c'est bon ça gère, tu te retrouves à 160km/h 10 secondes après.

[LeLama]

comme j'ai dit le raisonnement n'est valable que si on attend une phase de vaccination qui va essentiellement immuniser l'essentiel ou en tout cas une partie importante de la population, donc il n'y a pas à intégrer jusqu'à l'infini.

On intègre jusqu'au temps où la vaccination prend le relais, et là, l'intégrale peut etre fortement différente d'un pays à l'autre (suffit de comparer la Suède et la Norvège ...)

Meme avec des vaccins, le temps va continuer a couler ! Quand les gens seront vaccinés tu vas relacher les mesures barrieres, et et il faut que tu calcules en temps long si y'aura plus ou moins morts si tu relaches les mesures barrieres avec vaccinés + une part d'immunisés, ou avec seulement des vaccinés, et tres peu d'immunisés parce que tu as fait des confinements durs.

[GillesH38]

comme j'ai dit le raisonnement n'est valable que si on attend une phase de vaccination qui va essentiellement immuniser l'essentiel ou en tout cas une partie importante de la population, donc il n'y a pas à intégrer jusqu'à l'infini.

On intègre jusqu'au temps où la vaccination prend le relais, et là, l'intégrale peut etre fortement différente d'un pays à l'autre (suffit de comparer la Suède et la Norvège ...)

Meme avec des vaccins, le temps va continuer a couler ! Quand les gens seront vaccinés tu vas relacher les mesures barrieres, et et il faut que tu calcules en temps long si y'aura plus ou moins morts si tu relaches les mesures barrieres avec vaccinés + une part d'immunisés, ou avec seulement des vaccinés, et tres peu d'immunisés parce que tu as fait des confinements durs.

le problème n'est pas tant que le confinement soit "dur" que d'accepter de le faire même quand il n'y a pas une circulation élevée de virus, pour prévenir les vagues au lieu de réagir quand elles sont là.. Plus le confinement sera dur, et moins tu auras de décès, mais il y a un équilibre à trouver. Simplement ce que je dis c'est que sur des périodes courtes genre 15 jours, avec une perspective de fin, c'est plus facile de faire accepter un confinement dur : en fait chacun se comporte comme si il était cas contact positif. Et si tout le monde le respecte; c'est bien plus efficace pour casser la chaine que de trainer des demi-confinements pendant des mois, et ça permet donc de reprendre des vies plus normales entre les confinements.

On s'en fiche qu'il y ait très peu d'immunisés, de toutes façons la première année il y a très peu d'immunisés. Qu'il y ait 1% ou 5 % d'immunisés dans la population ne change quasiment rien à la cinétique de la propagation, mais ça fait 5 fois moins de morts.

[LeLama]

Simplement ce que je dis c'est que sur des périodes courtes genre 15 jours, avec une perspective de fin, c'est plus facile de faire accepter un confinement dur : en fait chacun se comporte comme si il était cas contact positif. Et si tout le monde le respecte; c'est bien plus efficace pour casser la chaine que de trainer des demi-confinements pendant des mois, et ça permet donc de reprendre des vies plus normales entre les confinements.

Sur l'acceptabilité, je suis d'accord. Une politique plus lisible est mieux acceptée

On s'en fiche qu'il y ait très peu d'immunisés, de toutes façons la première année il y a très peu d'immunisés. Qu'il y ait 1% ou 5 % d'immunisés dans la population ne change quasiment rien à la cinétique de la propagation, mais ça fait 5 fois moins de morts.

5% d'immunises au moment ou on relache les mesures, c'est moins de morts au final que 1% d'immunisés au moment ou on relache. Tu peux t'amuser a mettre les chiffres dans un modele avec vaccins par exemple : tu prends d'abord 41% d'immunisés ( 40% vaccinés + 1% retabli) et d'un autre côté 45% d'immunisés ( 40% de vaccinés + 5 % de rétablis) avec un nombre d'infectés petit dans les 2 cas ( l'epidémie est sous controle). C'est le modele avec 45% d'immunisés qui a le moins de morts au final ( au moins dans un modele SIR). Attention une fois de plus a faire la difference entre le nombre de morts a l'instant t, et le nombre de morts sur le long terme. C'est ce deuxieme chiffre qu'on veut minimiser.

[tita]

Ok, on a un assouplissement en Suisse contre toute attente.

- Possibilité d'ouvrir les terrasses des restaurants/bars (tables de 4 uniquement, à l'exception des enfants)
- Manifestations (sport, culture, concerts, cinémas) extérieures à 100 personnes, intérieures à 50 personnes. Mais obligatoirement assis (même à l'extérieur), avec masque, sans consommation de boisson/nourriture.
- Rassemblements privés à 15 personnes autorisés.

L'incidence augmente lentement depuis le 22 février où on était à 80 et on est à ~180 maintenant. Le 19 mars (incidence 116), le CF avait renoncé à ouvrir les terrasses... et là on a augmenté mais ils ouvrent.

Bref, c'est un peu étonnant. A voir ce que ça va donner.

[kercoz]

Je ne comprends pas trop les 1% et 5% de "rétablis" immunisés.....logiquement, pour 100 000 morts, il y a 10 à 20 millions ( coef 100 à 200) d' asympto ou de peu simpto qui sont immunisés ?

[GillesH38]

Simplement ce que je dis c'est que sur des périodes courtes genre 15 jours, avec une perspective de fin, c'est plus facile de faire accepter un confinement dur : en fait chacun se comporte comme si il était cas contact positif. Et si tout le monde le respecte; c'est bien plus efficace pour casser la chaine que de trainer des demi-confinements pendant des mois, et ça permet donc de reprendre des vies plus normales entre les confinements.

Sur l'acceptabilité, je suis d'accord. Une politique plus lisible est mieux acceptée

On s'en fiche qu'il y ait très peu d'immunisés, de toutes façons la première année il y a très peu d'immunisés. Qu'il y ait 1% ou 5 % d'immunisés dans la population ne change quasiment rien à la cinétique de la propagation, mais ça fait 5 fois moins de morts.

5% d'immunises au moment ou on relache les mesures, c'est moins de morts au final que 1% d'immunisés au moment ou on relache. Tu peux t'amuser a mettre les chiffres dans un modele avec vaccins par exemple : tu prends d'abord 41% d'immunisés ( 40% vaccinés + 1% retabli) et d'un autre côté 45% d'immunisés ( 40% de vaccinés + 5 % de rétablis) avec un nombre d'infectés petit dans les 2 cas ( l'epidémie est sous controle). C'est le modele avec 45% d'immunisés qui a le moins de morts au final ( au moins dans un modele SIR). Attention une fois de plus a faire la difference entre le nombre de morts a l'instant t, et le nombre de morts sur le long terme. C'est ce deuxieme chiffre qu'on veut minimiser.

je ne comprends rien à tes posts Le Lama désolé. Deja tu balances des trucs sans rien montrer, on ne sait pas quels sont les paramètres de tes modèles (tes indications sont largement insuffisantes pour les connaitre), on ne sait pas ce que tu gardes constant et ce que tu varies, on ne sait pas si tu continues à vacciner la population ou pas, et à quel rythme, tu dis ""avec un nombre d'infectés petit dans les 2 cas ( l'epidémie est sous controle" alors qu'une épidémie sous contrôle, ça se mesure par le taux de croissance et pas par le nombre d'infectés ... (bien que tu sois mathématicien, tu as du mal à comprendre ce qu'est une exponentielle on dirait !) .

Bref je ne peux pas te répondre sur des choses aussi peu précises. En revanche je t'ai donné des exemples précis et quantifiés de ce qu'il se passait dans la partie initiale ou il n'y avait pas d'immunité notable (ni vaccinale ni acquise), et je t'ai démontré que faire des confinements au début faisait moins de morts qu'à la fin, tu ne m'as pas répondu. On est bien d'accord que j 'ai précisé que je ne comptais pas les morts asymptotiques en laissant l'épidémie se dérouler comme dans un modèle SIR, je suppose que la campagne de vaccination permet de vacciner quasiment tout le monde à un moment.