Covid-19 les vaccins

[GillesH38]

Le lama, sans être méchant, tu devrais te renseigner sur la biologie et les virus avant d'écrire n'importe quoi. Un virus c'est JUSTE une molécule d'ARN encapsulée, ce n'est en rien un panel de chromosomes comme une cellule humaine, qui a une machinerie très complexe pour gérer la duplication des chromosomes par mitose ou par méiose

Je crois que tu m'as mal lu. J'attends ta definition objective de variant.

je ne vois pas comment une définition peut etre "objective", c'est toujours un choix de définir une classe. Mais on peut définir un variant par le fait qu'il corresponde à certaines mutations, contrairement à "blanc" ou "noir".

[nemo]

Le lama, sans être méchant, tu devrais te renseigner sur la biologie et les virus avant d'écrire n'importe quoi. Un virus c'est JUSTE une molécule d'ARN encapsulée, ce n'est en rien un panel de chromosomes comme une cellule humaine, qui a une machinerie très complexe pour gérer la duplication des chromosomes par mitose ou par méiose

Je crois que tu m'as mal lu. J'attends ta definition objective de variant.

je ne vois pas comment une définition peut etre "objective", c'est toujours un choix de définir une classe. Mais on peut définir un variant par le fait qu'il corresponde à certaines mutations, contrairement à "blanc" ou "noir".

SI je peut me permettre définir objectivement est possible suffit que les éléments servant à classer soit clair. Mais c'est pas parce que les éléments utilisés sont clairs qu'ils sont pertinents (l'exemple de la couleur de peau montrant bien cela) et surtout pertinent sous tout les angles (classer selon la couleur de peau est pertinent pour les cancers de la peau par exemple).

[LeLama]

Le lama, sans être méchant, tu devrais te renseigner sur la biologie et les virus avant d'écrire n'importe quoi. Un virus c'est JUSTE une molécule d'ARN encapsulée, ce n'est en rien un panel de chromosomes comme une cellule humaine, qui a une machinerie très complexe pour gérer la duplication des chromosomes par mitose ou par méiose

Je crois que tu m'as mal lu. J'attends ta definition objective de variant.

je ne vois pas comment une définition peut etre "objective", c'est toujours un choix de définir une classe. Mais on peut définir un variant par le fait qu'il corresponde à certaines mutations, contrairement à "blanc" ou "noir".

Ok, donc ta definition, c'est qjuoi ? Quelles mutations, quel est l'algorithme sans ambiguité qui te donne une definition ?

[tita]

Je signale juste que ce que raconte LeLama est purement basé sur les données publiques (donc l'observation des courbes), et non sur des allégations scientifiques. Y'a pas de papier qui explique que la vaccination en elle-même provoque une hausse du R.

Enfin, quand meme, tout le monde l'a remarqué. D'ailleurs, je vois pas bien comment ce serait publiable. Tu comptes publier quoi : faire une liste de 10 graphes ou tu vois que la majorité des pays fortement vaccinés ont pris la douche juste apres ?

"Tout le monde" fait partie des arguments d'autorité. Interpréter correctement des données, ça demande un peu plus d'effort quand même.

Pis bon, tu parles de 10 pays... Va falloir me les citer, parce que je ne vois pas comment tu en as 10 où tu observes ce que tu prétends.

[GillesH38]

Je crois que tu m'as mal lu. J'attends ta definition objective de variant.

je ne vois pas comment une définition peut etre "objective", c'est toujours un choix de définir une classe. Mais on peut définir un variant par le fait qu'il corresponde à certaines mutations, contrairement à "blanc" ou "noir".

Ok, donc ta definition, c'est qjuoi ? Quelles mutations, quel est l'algorithme sans ambiguité qui te donne une definition ?

dans la définition la plus restrictive, un variant correspond à un génome. Apres ce qu'on appelle "variant britannique" par exemple c'est un ensemble de génomes proches mais qui partagent un certain nombre de genes communs.
Par exemple ici : https://www.vidal.fr/actualites/26672-c ... -t-on.html

il est décrit

Le cas de la lignée B.1.1.7 (variant 501Y.V1) dite « britannique »
Également appelée Variant of concern – VC – 202012/01, variant « Kent » ou 20I/501Y.V1, le variant 501Y.V1 de la lignée B.1.1.7 a été observé pour la première fois au Royaume-Uni, en décembre 2020 (mais il y était présent depuis au moins le mois de septembre).
Par rapport à la lignée B.1, B.1.1.7 présente 19 mutations principales, dont 8 sur la protéine S. Parmi celles-ci :
N501Y qui, en modifiant légèrement l'extrémité de la protéine S, semble améliorer la liaison entre cette protéine et le récepteur ACE2 des cellules cibles ;
P681H qui semble augmenter la production de protéine S par les cellules infectées ;
deux délétions (H69-V70 et Y144/145) qui pourraient modifier la structure tridimensionnelle de la protéine S.

mais il y a des sous-variant, par exemple un qui a acquis en plus la mutation E484K présente aussi dans le "variant brésilien"

Source d'inquiétude supplémentaire, en janvier 2021, les autorités sanitaires britanniques ont annoncé avoir identifié 11 cas où 501Y.V1 (B.1.1.7) avait acquis la mutation E484K présente dans les lignées B.1.351 et P.1 (voir ci-dessous) et suspectées d'être responsable d'une résistance partielle à la réponse immunitaire après une infection ou un vaccin. Cette variation de B.1.1.7 est activement surveillée.

[LeLama]

dans la définition la plus restrictive, un variant correspond à un génome. Apres ce qu'on appelle "variant britannique" par exemple c'est un ensemble de génomes proches mais qui partagent un certain nombre de genes communs.

Desolé, mais pour moi, c'est pas une definition. C'est completement ambigü, chacun met ce qu'il veut dans les termes "proches" ou "un certain nombre".

[tita]

dans la définition la plus restrictive, un variant correspond à un génome. Apres ce qu'on appelle "variant britannique" par exemple c'est un ensemble de génomes proches mais qui partagent un certain nombre de genes communs.

Desolé, mais pour moi, c'est pas une definition scientifique.

In microbiology and virology, the term variant or "genetic variant" is used to describe a subtype of a microorganism that is genetically distinct from a main strain, but not sufficiently different to be termed a distinct strain.

It was said in 2012 that "there is no universally accepted definition for the terms 'strain', 'variant', and 'isolate' in the virology community, and most virologists simply copy the usage of terms from others".[1] The lack of precise definition continued as of 2020

https://en.wikipedia.org/wiki/Variant_(biology)

Il n'y a pas de définition stricte. Y'a un ancêtre commun (SARS-CoV-2), il y a des lignées, et quand une lignée (ou branche) prolifère plus qu'une autre, on la distingue en lui donnant un nom. 95% des nouveaux cas d'infections en Europe sont liés à un seul ancêtre commun qui est apparu en Angleterre visiblement. C'est pas impossible qu'avec le temps, toutes les nouvelles infections dans le monde dérivent de cet ancêtre commun.

Mais c'est pas impossible non plus qu'une autre branche prolifère et que cette branche s'éteigne. Ou que plusieurs branches continuent de proliférer en parallèle. Ou même qu'un moment donné, toute la branche SARS-CoV-2 disparaisse totalement (en fait, sur le très long terme, c'est fort probable)

Tout ça découle de la phylogénétique, càd l'analyse évolutive par le génome. On pense que tous les organismes vivants sur terre (composés de cellules donc) ont un ancêtre commun. Mais les virus ont une histoire à part, même s'ils se répliquent et évoluent. Comme ils ont besoin d'organismes cellulaires pour le faire, on ne sait pas trop où et quand ils sont apparus, ni à partir de quoi. La question même de savoir si on les classe dans le vivant ou non fait débat.

En résumé, c'est juste une façon de classer ce qu'on observe. Je vois pas trop ce qui te gêne.

[Jeuf]

Mais les virus ont une histoire à part, même s'ils se répliquent et évoluent. Comme ils ont besoin d'organismes cellulaires pour le faire, on ne sait pas trop où et quand ils sont apparus, ni à partir de quoi. La question même de savoir si on les classe dans le vivant ou non fait débat.

Je suppose ceci : des entités autoréplicantes mais pas encore cellulaires (c'est à dire avec une membrane) et plus petites ont précédé les êtres cellulaires, la membrane cellulaire a fini par apparaitre et a été un avantage évolutif . Les êtres cellulaires concentrent à présent l'essentiel de la matière organique, et plus précisément les êtres pluricellulaires photosynthétiques terrestres depuis 300 millions d'années, après avoir transformé de grande quantité de matière minérale primitive en matière organique (de l'ordre de 10^16 kg) incorporé à leur fonctionnement.

Passer de 0 à 10^16kg de matière incluse dans des êtres autoréplicant, c'est beaucoup de travail par et pour eux, mais il reste de la marge, ce n'est qu'une toute petite partie de la masse de la terre qui fait partie de la biosphère.

Cela n'a pas éliminé les anciennes formes de "vie" (ou du moins, d'organismes autoréplicants et évolutifs).
Les entités autoréplicantes qui puisaient énergie et matière dans la soupe primitive auraient par contre disparu, y compris en fossile (chainon manquant pour comprendre l'apparition de la vie), seules celles qui vivent au détriment des êtres cellulaires existent toujours. C'est leur nouvelle soupe (suppose-je).

Car la soupe primitive a disparu. Les être autoréplicants modifient leur environnement, qui modifie son tour le fonctionnement de ces êtres.
Dans cette idée, la modification de la Terre par les humains est un processus normal dans le monde vivant. Le système économique humain intégère dans son processus, en plus de 20% de la production de biomasse suivant les estimations à l'heure actuelle, les matières minérales pour ses constructions et métalliques pour ses machines , c'est utilisation plus large de matériaux disponibles sur Terre que ne le font les autres être vivants.
(ce qui ne veut pas dire qu'ils n'en seront pas les victimes de cette transformation, au contraire c'est bien d'ailleurs là le problème. Je veux par contre là réfuter des morales bio-centrées)

[GillesH38]

dans la définition la plus restrictive, un variant correspond à un génome. Apres ce qu'on appelle "variant britannique" par exemple c'est un ensemble de génomes proches mais qui partagent un certain nombre de genes communs.

Desolé, mais pour moi, c'est pas une definition. C'est completement ambigü, chacun met ce qu'il veut dans les termes "proches" ou "un certain nombre".

la plupart des définitions sont de ce type (tu sais dire la différence exacte entre un chien et un loup ?) , mais c'est un faux débat. Les Grecs avaient déjà démontré par récurrence qu'on ne pouvait pas définir précisément ce qu'est un tas de sable (https://fr.wikipedia.org/wiki/Paradoxe_sorite ) , et pourtant, les enfants font des tas de sable à la plage

[nemo]

dans la définition la plus restrictive, un variant correspond à un génome. Apres ce qu'on appelle "variant britannique" par exemple c'est un ensemble de génomes proches mais qui partagent un certain nombre de genes communs.

Desolé, mais pour moi, c'est pas une definition. C'est completement ambigü, chacun met ce qu'il veut dans les termes "proches" ou "un certain nombre".

la plupart des définitions sont de ce type (tu sais dire la différence exacte entre un chien et un loup ?) , mais c'est un faux débat. Les Grecs avaient déjà démontré par récurrence qu'on ne pouvait pas définir précisément ce qu'est un tas de sable (https://fr.wikipedia.org/wiki/Paradoxe_sorite ) , et pourtant, les enfants font des tas de sable à la plage

C'est ce que je disais au dessus une définition est opérative c'est à dire fonction de ce à quoi elle doit servir (dans un sens très large). C'est donc un faux débat. Je pense que Lelama à tort sur ce coup : les variants en question sont bien opératif en tant qu'ils donnent un type de contamination qu'on (ceux dont c'est le boulot) arrive à distinguer.

[hyperion]

La vaccination ne touche au début par définition que quelques % de la population, elle ne peut donc faire varier R que de quelques centièmes . C'est pas ça qui peut produire ni arrêter une "flambée" qui exige une variation de R de plusieurs dixièmes au moins . Donc évidemment les causes sont à chercher ailleurs que dans le "début de la vaccination", plutot des changements de comportements (éventuellement dus à la diffusion du virus dans d'autres milieux / classes d'age) ou l'apparition de variants.

Le chili, c'est pas loin de 20% de vaccination par mois. Le chiffre que j'avais donne' pour la grippe, c'est 6 fois plus de virus dans l'haleine des multi-vaccinés. Et comme le soulignait tita, y'a des super-spreaders qui peuvent contaminer 20 personnes. Il en suffit de peu pour changer la dynamique. Y'a largement la place numeriquement avec qq super spreaders pour une flambee, par exemple, si t'es super spreader pendant quinze jours apres la vaccination, toutes choses egales par ailleurs ( le R aurait plus ou moins une forme de fonction de Heavyside).

En revanche, ta critique vaut pour ta propre proposition d'explication : l'apparition de variants ne montre aucune discontinuité.

Pour le changement de comportement, ils ont confiné, donc a priori on s'attend plutot a une baisse qu'a une flambee de l'epidemie au niveau du R.

ton explication de la flambée initiale dans les pays qui vaccine massivement serait "plus de virus dans l'haleine des vaccinés"; donc il faudrait tester avant de vacciner?
que veux -tu dire par " l'apparition de variants ne montre aucune discontinuité" et le rapport avec la vaccination ?

[energy_isere]

La pandémie britannique de Covid est terminée, affirment des experts, alors que les vaccins réduisent les cas de 90%
23 avril 2021

La Grande-Bretagne n’est plus dans une pandémie de Covid, ont affirmé des experts, en raison du succès du déploiement du vaccin qui a réduit les taux d’infection de 90%.

Dans une nouvelle étude du monde réel sur l’impact des piqûres sur la population générale, les experts ont découvert que le déploiement du vaccin avait un impact énorme sur la réduction des cas de coronavirus symptomatiques et asymptomatiques.

En prenant une seule dose des vaccins Pfizer ou AstraZeneca, il y a une baisse des deux tiers des cas de coronavirus et il est efficace à 74% contre une infection symptomatique.

En prenant deux doses de Pfizer, il y a une baisse de 70% dans tous les cas et de 90% dans les cas symptomatiques.

L’étude est basée sur les données de l’enquête nationale sur les infections Covid, qui est gérée par l’Université d’Oxford et l’Office for National Statistics.

Sarah Walker, professeur de statistiques médicales et d’épidémiologie à Oxford et enquêteur en chef de l’enquête, a déclaré au Telegraph que la Grande-Bretagne était « passée d’une situation de pandémie à une situation endémique ».

Plus de 33 millions de Britanniques ont reçu une première dose du vaccin, et plus de 10,7 millions en ont eu une seconde.

Grâce au déploiement du jab, la feuille de route du verrouillage du Royaume-Uni semble aller bien, avec la réouverture des magasins la semaine dernière et les Britanniques sont désormais autorisés à aller au pub en plein air et à aller à la salle de sport.

Les données publiées aujourd’hui par l’application ZOE Symptom Tracker confirment également que les cas sont en baisse, avec 1165 nouveaux cas symptomatiques en moyenne chaque jour au Royaume-Uni, contre 1601 il y a une semaine.

Le professeur Tim Spector, directeur de l’étude, a déclaré: «Les taux sont à nouveau en baisse de 28% cette semaine et nous espérons que nous descendrons sous le seuil des 1 000 cas dans les prochains jours pour atteindre notre niveau record de l’année dernière en août.

https://www.fr24news.com/fr/a/2021/04/l ... de-90.html

LeLama peut aller se rhabiller.

[LeLama]

ton explication de la flambée initiale dans les pays qui vaccine massivement serait "plus de virus dans l'haleine des vaccinés"; donc il faudrait tester avant de vacciner?

Dans les etudes, les personnes vaccinées ont significativement plus de tests pcr positifs que les non vaccinées
dans les 15 premiers jours, et ca baisse ensuite pour s'inverser.
Voir par exemple ici
https://www.medrxiv.org/content/10.1101 ... 21252652v1
ou tu vas voir des augmentations de plus de 30% au jour 7-9 ( page 10)
C'est compatible aussi avec les chiffres de l'etude danoise qui donne des chiffres
du genre 40% de plus de malades dans un premier temps chez les vaccinés.
Je dis de memoire, il faut verifier les chiffres exacts dans l'etude:
https://www.medrxiv.org/content/10.1101 ... 21252200v1

Donc je ne suis pas certain que le pb soit de tester avant de vacciner.
Ca a l'air d'etre plutot une perte d'immunité temporaire liée a la vaccination.
J'ai entendu un médecin dire que
les vaccinés devraient rester a l'isolement pendant une semaine avant et 15 jours apres
le vaccin pour passer sans encombre la periode de fragilité immunitaire liée a la vaccination.

Apres la deuxieme dose, y'a de nouveau une perte d'immunité, mais elle est plus faible.

que veux -tu dire par " l'apparition de variants ne montre aucune discontinuité" et le rapport avec la vaccination ?

C'est la question de savoir a quoi sont dues les flambees post-vaccinales dans les pays vaccinés. Gilles emet l'hypothese que ca peut etre due aux variants qui apparaissent subitement. Selon moi, ce n'est pas compatible avec l'apparition des variants qui apparaissent tres progressivement dans la population. Et j'ai compté que 9 pays sur les 16 les plus vaccinés ont subi un pic assez net post vaccinal. Ca fait trop de coincidences a mon avis pour proposer une explication par les variants.

[GillesH38]

Donc je ne suis pas certain que le pb soit de tester avant de vacciner.
Ca a l'air d'etre plutot une perte d'immunité temporaire liée a la vaccination.

il y a une explication tres simple et à mon avis bien plus probable qu'une "perte d'immunité" dont je ne vois vraiment pas d'où elle viendrait, c'est que les gens relâchent leur comportement trop tôt en sous estimant le temps nécessaire à la protection vaccinale pour s'installer.

C'est la question de savoir a quoi sont dues les flambees post-vaccinales dans les pays vaccinés. Gilles emet l'hypothese que ca peut etre due aux variants qui apparaissent subitement. Selon moi, ce n'est pas compatible avec l'apparition des variants qui apparaissent tres progressivement dans la population.

Et j'ai compté que 9 pays sur les 16 les plus vaccinés ont subi un pic assez net post vaccinal. Ca fait trop de coincidences a mon avis pour proposer une explication par les variants.

et les 7 sur lesquels ce n'est pas observé en revanche ce n'est pas trop pour toi ? pourquoi ton mécanisme supposé ne marcherait pas pour eux ?

il y a finalement peu de variants plus contagieux qui sont apparus, et par définition il se sont tous répandus à partir d'une origine commune, tout comme les campagnes de vaccination se sont également toutes produites à partir d'une origine commune , la mise à disposition des vaccins. Ta "coïncidence temporelle" est absurde puisque ce sont en gros deux événements qui ont une origine unique. Et ensuite tu donnes des leçons de scientificité et tu te plains qu'on ne te prenne pas au sérieux, alors que tu ne fais que des analyses biaisées par des post-sélections.

Quand je dis analyse, c'est d'ailleurs beaucoup, tu ne fais aucune évaluation statistique de p-value, tu te contentes de regarder les courbes avec une expertise de consommateur de bière au bistrot.

[energy_isere]

Etats-Unis: feu vert pour le vaccin Johnson & Johnson -

24 avril 2021

Les autorités sanitaires américaines ont donné vendredi leur feu vert à la reprise de la vaccination avec le sérum de Johnson & Johnson aux Etats-Unis, suspendue le 13 avril après des cas rares de thrombose.

La pause dans l'utilisation du vaccin mis au point par le laboratoire américain avait été décidée afin d'enquêter sur plusieurs cas de femmes ayant développé des cas graves de caillots sanguins en association avec des bas niveaux de plaquettes après leur injection.

https://www.boursorama.com/actualite-ec ... e3f7675031